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人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解

發(fā)布時間：2022-01-15 13:51:07 來源：億速云 閱讀：165 作者：柒染 欄目：大數(shù)據(jù)

這篇文章跟大家分析一下“人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解”。內(nèi)容詳細(xì)易懂，對“人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解”感興趣的朋友可以跟著小編的思路慢慢深入來閱讀一下，希望閱讀后能夠?qū)Υ蠹矣兴鶐椭?。下面跟著小編一起深入學(xué)習(xí)“人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解”的知識吧。

lncRNA全稱為long non-coding RNA, 長鏈非編碼RNA, 指的是長度在200nt以上的非編碼RNA。 lncRNA在細(xì)胞周期調(diào)控， 細(xì)胞分化調(diào)控，疾病的發(fā)生與發(fā)展等多種生命活動中發(fā)揮著重要作用，是研究的熱點之一。

不像起步很早的miRNA, lncRNA在最近十幾年年才逐漸興起，目前的現(xiàn)狀是數(shù)據(jù)庫很多，不同數(shù)據(jù)庫對于lncRNA的命名方式不統(tǒng)一，這種混亂的命名模式，增加了研究的難度。

LNCipedia是一個綜合性的人類lncRNA數(shù)據(jù)庫，整合了多個數(shù)據(jù)庫中，多篇文章中的lncRNA記錄，并賦予了它們統(tǒng)一的ID, 網(wǎng)址如下

https://lncipedia.org/

該數(shù)據(jù)庫中的lncRNA信息來源于以下幾個數(shù)據(jù)庫

  1. LncRNAdb

  2. Broad Institute

  3. Ensembl

  4. Gencode

  5. Refseq

  6. NONCODE

  7. FANTOM


同時也包含了Nielsen, Hangauer等多篇文獻(xiàn)中發(fā)現(xiàn)的lncRNA信息。

對于多種來源的lncRNA, 去冗余之后賦予一個統(tǒng)一的ID, 對于那些已經(jīng)擁有了gene symbol的lncRNA, 仍然采用gene  symbol, 如果沒有的話，按照最近的蛋白編碼基因來命名，比如lnc-MYCN-1, 代表一個在MYCN基因附近的lncRNA, 如果多個lncRNA使用了同一個參照的蛋白編碼基因，則用數(shù)字后綴來區(qū)分不同的lncRNA基因。

對于lncRNA，根據(jù)以下原則進(jìn)行了分類：

  1. 對于那些與蛋白編碼基因所在鏈相同，而且存在overlap的lncRNA, 如果與所有的exon都沒有overlap, 就歸類為intronic, 否則歸類為sense overlapping；

  2. 對于那些與蛋白編碼基因的反向互補區(qū)間存在overlap的lncRNA, 歸類為antisense;

  3. 對于那些與任何蛋白編碼基因都沒有交集的lncRNA, 如果在轉(zhuǎn)錄起始位點上游1000bp范圍內(nèi)存在白編碼基因的轉(zhuǎn)錄起始位點，則歸類為bidirectional,  否則歸類為intergenic;


同時還采用了不同軟件，對蛋白編碼潛能進(jìn)行了評估，軟件列表如下

  1. CPC

  2. HMMER

  3. PRIDE

  4. PhyloCSF

  5. CPAT

  6. Ribosome-profiling


我們可以直接從網(wǎng)站上下載lncRNA對應(yīng)的fasta,gtf, bed文件，提供了hg19和hg38兩種版本，示意如下

人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解

通過首頁的Search按鈕，可以進(jìn)行檢索，以LINC01725：47為例，結(jié)果如下

1. 基本信息

這部分結(jié)果包含了lncRNA基因ID, 轉(zhuǎn)錄本iD, 染色體位置，類別，長度等信息，示意如下

人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解

2. 序列信息

人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解

3. 蛋白編碼潛能

給出了不同軟件預(yù)測的蛋白編碼潛能的結(jié)果，示意如下

人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解

4. lncRNA保守性

通過lncRNA鄰近的蛋白編碼基因在不同物種間的保守性，來分析對應(yīng)的lncRNA的保守性，如果一個lncRNA的參照蛋白編碼基因在其他物種中有同源，則認(rèn)為對應(yīng)的lncRNA在其他物種中也應(yīng)該存在，結(jié)果示意如下

人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解

該網(wǎng)站還提供了API服務(wù)， 通過基因id或者轉(zhuǎn)錄本id來獲取對應(yīng)的信息，示意如下

https://lncipedia.org/api/transcript/HOTAIR:1
https://lncipedia.org/api/gene/HOTAIR

通過這種綜合性的數(shù)據(jù)庫，可以避免不同數(shù)據(jù)庫中命名方式不同帶來的不便。

關(guān)于人類lncRNA數(shù)據(jù)庫LNCipedia如何理解就分享到這里啦，希望上述內(nèi)容能夠讓大家有所提升。如果想要學(xué)習(xí)更多知識，請大家多多留意小編的更新。謝謝大家關(guān)注一下億速云網(wǎng)站！

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