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怎么探索lncRNA表達量的組織特異性

發(fā)布時間：2021-12-08 15:06:04 來源：億速云 閱讀：160 作者：柒染 欄目：大數(shù)據(jù)

這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會給大家?guī)碛嘘P(guān)怎么探索lncRNA表達量的組織特異性，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

公共數(shù)據(jù)庫GTEx，The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project，首次被提出來是2013年，上百位科學(xué)家聯(lián)名在Nature Genetics雜志發(fā)表的文章首次介紹了“基因型-組織表達工程”，并成立了“基因型-組織表達研究聯(lián)盟”（Genotype-Tissue Expression Consortium，GTEx）以下簡稱“GTEx”）。

因為GTEx數(shù)據(jù)庫直接提供RNA-seq的counts矩陣文件下載，從表達矩陣?yán)锩婵梢愿鶕?jù)基因名字區(qū)分出來：

  • 1368 個miRNAs,
  • 10167 個lncRNAs
  • 30441 個mRNAs

流程圖如下：

怎么探索lncRNA表達量的組織特異性

這個研究的重點是Gini index used to measure tissue specificity，而不僅僅是某個組織的高表達量。 以前我們使用gtex數(shù)據(jù)庫找組織特異性表達基因是直接看top表達量基因，在： https://gtexportal.org/home/topExpressedGenePage 可以搜索，比如我搜索大腦的最高表達量基因，發(fā)現(xiàn)它的確可以把大腦區(qū)域和身體其它區(qū)域很容易的分開。
 

列舉這30個組織的特異性的表達，包括 miRNAs and lncRNAs以及protein coding RNA

 

其它物種

留給大家搜索了，理論上很多物種也是有各個器官的表達量信息，包括芯片的以及測序的，包括mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白。

而且，現(xiàn)在不是單細胞水平的研究很流行嘛，理論上這個組織特異性可以進一步細化到細胞類型的特異性。

癌癥領(lǐng)域

既然GTEx數(shù)據(jù)庫的30余種組織，可以有特異性的mRNA，lncRNA，miRNA，那么TCGA數(shù)據(jù)庫的不同癌癥，理論上也有癌癥類型的特異性的mRNA，lncRNA，miRNA。

上述就是小編為大家分享的怎么探索lncRNA表達量的組織特異性了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

向AI問一下細節(jié)

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