lncRNA功能預(yù)測(cè)原理是什么

今天就跟大家聊聊有關(guān)lncRNA功能預(yù)測(cè)原理是什么，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

我們?cè)诨蜓芯康臅r(shí)候，需要提前預(yù)測(cè)這個(gè)基因的功能是什么。編碼基因可以通過(guò)其基因的蛋白結(jié)構(gòu)來(lái)預(yù)測(cè)到主要功能是什么。但是對(duì)于長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)的功能，由于其不編碼蛋白。這樣功能預(yù)測(cè)的就不適用了。那么對(duì)于一個(gè)lncRNA要怎么預(yù)測(cè)其功能呢。

lncRNA功能預(yù)測(cè)原理

隨著二代測(cè)序和基因芯片的出現(xiàn)，對(duì)于我們可以一次性獲得一個(gè)樣本所有的基因表達(dá)情況。雖然我們沒(méi)辦法知道lncRNA的功能預(yù)測(cè)。但是我們可以通過(guò)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析得到和這個(gè)lncRNA相關(guān)的編碼基因有哪些。進(jìn)而對(duì)這些相關(guān)的編碼基因進(jìn)行富集分析預(yù)測(cè)。就可以間接的了解這個(gè)lncRNA是什么功能了。

Co-LncRNA

Co-LncRNA(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/)就是這么一個(gè)基于以上想法的數(shù)據(jù)庫(kù)。這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)搜集了很多相關(guān)疾病的測(cè)序數(shù)據(jù)。通過(guò)目標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)我們就可以通過(guò)分析得到目標(biāo)lncRNA的相互作用基因有哪些。進(jìn)而可以獲得主要調(diào)控的通路什么的。

這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)包括多個(gè)功能：

CEGs:查詢(xún)一個(gè)基因的可能相互作用基因

通過(guò)這個(gè)功能，我們可以查詢(xún)基因可能相互作用的基因有哪些。我們需要做的就是選擇相關(guān)的數(shù)據(jù)。然后輸入目標(biāo)基因即可。

輸入完成之后 我們就可以得到和這個(gè)基因相互作用的基因了。

CEGsFuncs: 共表達(dá)基因的富集分析

????的功能是尋找共表達(dá)基因，這個(gè)功能就是相關(guān)的共表達(dá)基因進(jìn)行富集分析。這里我們可以輸入一個(gè)lncRNA，也可以好幾個(gè)lncRNA。然后就可以得到相關(guān)基因的富集分析結(jié)果

其中另外一個(gè)功能: merge CEGsFuncs是一個(gè)可以融合多個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行共表達(dá)分析富集的功能。但是也是只能選擇三個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析

CEGsNet: lncRNA共表達(dá)分析網(wǎng)絡(luò)

對(duì)于目標(biāo)lncRNA，之前我們只能看到相關(guān)的表格。這個(gè)是可以用網(wǎng)絡(luò)的格式呈現(xiàn)的。雖然不好看吧。但是也是可以看一下的。

數(shù)據(jù)庫(kù)總結(jié):

這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)在檢索的時(shí)候好像沒(méi)有提供下載結(jié)果的功能。但是在最后提供了下載所有結(jié)果的功能，如果想要預(yù)測(cè)結(jié)果可以下載所有結(jié)果，自己按照條件篩選即可。這樣就可以得到共表達(dá)的基因了。如果還想要富集分析的結(jié)果，那把基因放到別的數(shù)據(jù)庫(kù)就可以了。比如[數(shù)據(jù)庫(kù)介紹]g:profiler 多ID富集分析這個(gè)就可以做富集分析。

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)lncRNA功能預(yù)測(cè)原理是什么有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。