miRDB數(shù)據(jù)庫有什么用

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miRDB通過MirTarget這個(gè)軟件預(yù)測了人，小鼠等多個(gè)物種的miRNA靶基因信息，并將其整理成了數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下

http://www.mirdb.org/

該數(shù)據(jù)庫中涵蓋的物種如下

1. huaman

2. mouse

3. rat

4. dog

5. chicken

   
   

每個(gè)物種相關(guān)的miRNA和靶基因數(shù)量統(tǒng)計(jì)如下

除了提供軟件預(yù)測的靶基因結(jié)果外，該數(shù)據(jù)庫還做了一個(gè)文獻(xiàn)整理的工作，將報(bào)導(dǎo)了miRNA前體或者成熟miRNA功能的相關(guān)文獻(xiàn)收集整理，匯總形成了一個(gè)miRNA功能數(shù)據(jù)庫，稱之為FuncMir, 該數(shù)據(jù)庫包含了人和小鼠這兩個(gè)物種中的miRNA信息，示意如下

點(diǎn)擊紅色鏈接可以查看詳細(xì)信息和相關(guān)的pubmed文獻(xiàn)。
官網(wǎng)提供了兩種檢索功能

1. target search

該功能一次只可以檢索一個(gè)miRNA后者gene, 檢索框如下所示

2. target mining

該功能用于一次檢索多個(gè)miRNA或者gene,檢索框如下所示

檢索結(jié)果如下所示

結(jié)果會按照TarGetScore進(jìn)行排序，由于是軟件預(yù)測的結(jié)果，score值越高，可信度也越高。通常認(rèn)為score大于80的結(jié)果是相對可靠的，而低于60的話可信度就很差了。

該數(shù)據(jù)庫提供了下載功能，可以方便的下載數(shù)據(jù)庫中的所有信息，示意如下

miRDB本質(zhì)上是一個(gè)軟件預(yù)測的miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫，如果只看這一個(gè)數(shù)據(jù)庫，結(jié)果的假陽性率會比較高，最好的做法是結(jié)合多個(gè)軟件預(yù)測或者數(shù)據(jù)庫的結(jié)果，類似miRWalk數(shù)據(jù)庫的思路，來彌補(bǔ)單一軟件算法的不足之處。

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