mirDIP數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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miRNA靶基因預(yù)測(cè)是研究miRNA功能機(jī)制必經(jīng)的一個(gè)環(huán)節(jié)，現(xiàn)有的相關(guān)軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)非常多，然而不同軟件的算法各有優(yōu)劣，在不同數(shù)據(jù)庫(kù)之間的交叉檢索費(fèi)時(shí)費(fèi)力，所以需要一個(gè)整合多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件資源的集成型數(shù)據(jù)庫(kù)，mirDIP就是在這樣的驅(qū)動(dòng)下產(chǎn)生，集成了30個(gè)來(lái)源數(shù)據(jù)庫(kù)中human相關(guān)的靶基因信息，網(wǎng)址如下

http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp

在Statistics頁(yè)面，可以看到詳細(xì)的來(lái)源數(shù)據(jù)庫(kù)和對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)量信息，示意如下

可以看到，去除冗余之后，共包含27667個(gè)基因，2586個(gè)miRNA, 約152萬(wàn)條miRNA-target gene信息。

mirDIP不僅僅是做了一個(gè)簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)整理和去冗余工作，對(duì)于來(lái)自多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的靶基因信息，首先對(duì)其進(jìn)行了歸一化。將所有靶基因按照可信度從高到底排列，將其歸一化到0到1這個(gè)區(qū)間，0代表可信度最高，1代表可信度最差， 然后利用各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中歸一化之后的數(shù)值，給出一個(gè)總的打分值，公式如下

就是用1減去各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中歸一化之后的數(shù)值的乘積，根據(jù)靶基因?qū)?yīng)的score值，劃分成了4個(gè)范圍，示意如下

按照score從大到小排序，前1%稱(chēng)之為Very High, 接下來(lái)依次為High, Medium, Low。

官網(wǎng)提供了以下3種檢索方式，可以靈活選擇

1. Undirectional search

這種方式直接檢索mirDIP中整理好的非冗余數(shù)據(jù)集，可以根據(jù)miRNA ID或者gene symbol進(jìn)行檢索，檢索結(jié)果示意如下

2. Bidirectional search

這種方式可以根據(jù)特定來(lái)源數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)結(jié)果進(jìn)行篩選，示意如下

3. miRNA-gene matrix

這種方式采用matrix的形式展示多個(gè)miRNA或者gene的靶基因結(jié)果，示意如下

在最后一列會(huì)給出共有的miRNA個(gè)數(shù)，可以用于分析多個(gè)miRNA共有的靶基因。

檢索結(jié)果可以下載，在檢索框下方的工具條可以選擇下載的格式，支持CSV和TAB兩種格式，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)可以免費(fèi)下載，而且提供了API服務(wù)，可以方便的獲取數(shù)據(jù)。

該數(shù)據(jù)庫(kù)為miRNA靶基因數(shù)據(jù)的整合提供了一個(gè)良好的參照，可以采用相同的思路來(lái)整理小鼠，大鼠等常見(jiàn)物種的靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)。

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