REDIportal數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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REDIportal數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了人類A-to-I類型的RNA編輯位點(diǎn)信息，共有4百多萬個(gè)位點(diǎn)，稱得上是最大的RNA編輯位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)完全免費(fèi)開放，網(wǎng)址如下

http://srv00.recas.ba.infn.it/atlas/index.html

這些RNA編輯位點(diǎn)來源于不同部位，不同組織類型的樣本，各個(gè)組織類型的樣本示意如下

從2018年8月開始，該數(shù)據(jù)庫(kù)也開始收錄來自其他物種的RNA編輯位點(diǎn)信息。通過官網(wǎng)的搜索功能，可以方便的檢索數(shù)據(jù)庫(kù)，搜索頁面如下

目前只支持hg19的檢索，可以根據(jù)染色體位置和基因名稱進(jìn)行檢索。

通過location根據(jù)RNA編輯位點(diǎn)所在的重復(fù)序列信息限定結(jié)果，包括Alu, REP, NOREP3種。

Genic Regoin根據(jù)所在基因組區(qū)域限定結(jié)果，包括5'UTR, 3'UTR, Exonic, Intronic, Intergenic5種區(qū)域。

AA change根據(jù)RNA編輯位點(diǎn)是否造成氨基酸的改變對(duì)結(jié)果進(jìn)行限定，包括synonymous, Nonsynonymous, Stop Loss,Unknown4種；Tissue和Body Site分別根據(jù)組織類型和取樣部位對(duì)結(jié)果進(jìn)行限定。

檢索結(jié)果示意如下

和其他數(shù)據(jù)庫(kù)類似，提供了RNA編輯位點(diǎn)的染色體信息，重復(fù)序列注釋，基因注釋等信息, 除了這些基本信息外，還提供了和其他數(shù)據(jù)庫(kù)的link, 第一列的U代表UCSC基因組瀏覽器，dbSNP代表NCBI SNP數(shù)據(jù)庫(kù)，如果在位點(diǎn)有對(duì)應(yīng)的SNP信息，用綠色表示，如果沒有則用紅色表示，KnownIn代表其他RNA編輯位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接，R代表RADAR, A代表DARNED。

點(diǎn)擊每個(gè)RNA編輯位點(diǎn)第一列的藍(lán)色箭頭，可以查看詳細(xì)的信息，示意如下

對(duì)于多個(gè)組織中同時(shí)檢測(cè)到的RNA編輯位點(diǎn)，提供了heatmap和boxplot兩種可視化方式，以便探究其組織特異性，上圖中為heatmap的展現(xiàn)形式，boxplot的展現(xiàn)形式示意如下

點(diǎn)擊右上角的菜單可以導(dǎo)出對(duì)應(yīng)的圖片。Alternative Annotations提供了Refseq和UCSC兩種基因注釋信息，示意如下

Editing Details可以查看該RNA編輯位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的樣本數(shù)，組織類型等信息，示意如下

點(diǎn)擊下方的藍(lán)色按鈕，可以看到具體的數(shù)據(jù)集，示意如下

相比RADAR和DAREND數(shù)據(jù)庫(kù)，REDIportal數(shù)據(jù)庫(kù)不僅收錄的數(shù)量跟多，而且提供的注釋信息也更加的詳盡。

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