JASPAR數(shù)據(jù)庫有什么用

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JASPAR是一個(gè)免費(fèi)公開的轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫，在該數(shù)據(jù)庫中收錄了轉(zhuǎn)錄因子的mitif信息，可以用來預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子與序列的結(jié)合區(qū)域。網(wǎng)址如下

http://jaspar.genereg.net/

在該數(shù)據(jù)庫中，提供了以下9種不同來源和類別的轉(zhuǎn)錄因子信息

1. JASPAR CORE

該類別下都是從文獻(xiàn)中收集的，有實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的真核生物轉(zhuǎn)錄因子motif信息，而且經(jīng)過了人工核對，是一個(gè)非冗余的，高質(zhì)量的轉(zhuǎn)錄因子motif數(shù)據(jù)庫，所以也是整個(gè)數(shù)據(jù)庫中的核心。

由于其高質(zhì)量量，非冗余等特性，通常情況下，該類別信息都是我們的第一選擇。每個(gè)motif編號以MA開頭，示意如下

2. Collection CNE

該數(shù)據(jù)集包含了233個(gè)調(diào)控人類非編碼基因的轉(zhuǎn)錄因子motif信息，是根據(jù)Xie et al. (PNAS 2007)文章中的數(shù)據(jù)收集整理的，編號以CN開頭，示意如下

3. Collection FAM

該類別下保存的是轉(zhuǎn)錄因子的類別class信息，多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子可以擁有相同的調(diào)控序列，將調(diào)控序列相同的轉(zhuǎn)錄因子歸為一類。每個(gè)class的編號以MF開頭，示意如下

4. Collection PBM

該類別下是運(yùn)用體外技術(shù)分析了104個(gè)小鼠的轉(zhuǎn)錄因子后得到的motif信息，每個(gè)motif編號以PB開頭，示意如下

5. Collection PBM HLH

和PBM類似，只不過該類別下是 C. elegans bHLH的19個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的信息，物種不同，該類別下的motif編號以PL開頭，示意如下

6. Collection PBM HOMEO

該類別下包含的是小鼠的轉(zhuǎn)錄因子motif信息，是從文獻(xiàn)Berger et al (Cell 2008)整理得到的，每個(gè)motif編號以PH開頭，示意如下

7. Collection PHYLOFACTS

該類別下分析的是哺乳動(dòng)物進(jìn)化保守基因的轉(zhuǎn)錄因子motif信息，對應(yīng)的文章為

Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3’ UTRs by comparison of several mammals

每個(gè)motif的編號以PF開頭，示意如下

8. Collection POLII

該類別包含的是RNA聚合酶結(jié)合區(qū)域的motif序列，每個(gè)motfi編號以PL開頭，示意如下

9. Collection SPLICE

該類別包含的是human剪切位點(diǎn)的motif序列，數(shù)據(jù)量很小，一共只有6個(gè)motif, 每個(gè)motif編號以SA開頭，示意如下

每個(gè)collection都是一個(gè)小的子集，core 是整合了所有這些子集，從而構(gòu)建的非冗余數(shù)據(jù)集。在core數(shù)據(jù)集中，將物種分層了一下6大類別

通過官網(wǎng)的檢索功能，可以方便的進(jìn)行檢索，示意圖如下

在檢索出的motif詳情頁面，提供了許多信息，以MA0001.1為例

1.  基本信息

包括名字，編號，類別，對應(yīng)的物種等信息，示意如下

2. Sequence logo

motif每個(gè)bp上堿基的分布，堿基的大小與對應(yīng)的頻率成正比，頻率越大，對應(yīng)的字母越大，示意如下

3. position frequency matrix

簡稱PFM, motif每個(gè)bp上四種堿基的頻數(shù)分布，提供了多種格式的下載，示意如下

4， Binding sites

紅色標(biāo)識的是motif對應(yīng)的具體的序列，示意如下

該數(shù)據(jù)庫提供了下載功能，主要是motif對應(yīng)的PFM矩陣，示意如下

JASPAR數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)的，但是相比TRANSFAC數(shù)據(jù)庫， 還是有很多不足之處，首先就是motif數(shù)量的差異，比TRANSFAC數(shù)據(jù)庫少了許多，其次就是信息的類別上，JASPAR只提供了motif信息，并沒有直接的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶標(biāo)基因的信息。

通過JASPAR數(shù)據(jù)庫，我們只能獲取轉(zhuǎn)錄因子的motif信息，然后通過軟件去預(yù)測和DNA序列的結(jié)合位點(diǎn)，即TFBS。

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