eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，小編覺得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

直系同源蛋白的預(yù)測(cè)在系統(tǒng)發(fā)育，比較基因組學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域都占用重要地位，COG數(shù)據(jù)庫(kù)開創(chuàng)了同源蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)的先河，后續(xù)又不斷有新的數(shù)據(jù)庫(kù)涌現(xiàn)，而eggNOG就是目前使用最廣泛的數(shù)據(jù)庫(kù)之一。

官網(wǎng)如下

http://eggnogdb.embl.de/#/app/home

eggNOG全稱evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous, 在COG算法的基礎(chǔ)上進(jìn)行了拓展和延伸，采用基于圖狀結(jié)構(gòu)的非監(jiān)督聚類算法，構(gòu)建了真核，原核，病毒等不同物種的同源蛋白簇。

該數(shù)據(jù)庫(kù)最新版本為eggNOG 4.5.1, 涵蓋了2031種真核和原核生物，352種病毒，構(gòu)建了19萬(wàn)個(gè)同源蛋白簇。

和COG類似，eggNOG對(duì)于orthology group的功能也進(jìn)行了分類整理，每個(gè)類別用一個(gè)字母表示，在以下鏈接可以查看具體的分類信息

http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_4.5/COG_functional_categories.txt

COG數(shù)據(jù)庫(kù)中提供了26種分類，eggNOG中提供了25種分類，缺少了如下類別

X    Mobilome: prophages, transposons

其他的分類和COG數(shù)據(jù)庫(kù)完全一致。在官網(wǎng)的搜索框中可以對(duì)OG編號(hào)進(jìn)行檢索

COG5157的檢索結(jié)果如下

在檢索結(jié)果中，可以查看該orthology group下包含的蛋白序列和物種信息，也可以下載對(duì)應(yīng)的序列。除此之外，還提供了GO, KEGG， pfam， SMRT等相關(guān)的功能注釋信息。

除了在線檢索外，官方還提供了API服務(wù)，方便程序抓取對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)，示例如下

http://eggnogapi.embl.de/nog_data/text/fasta/ENOG410ZSWV

通過(guò)以上API鏈接，可以獲得ENOG410ZSWV這個(gè)orthology group下的所有蛋白序列，更多用法請(qǐng)參考官方文檔。

官網(wǎng)還提供了以下兩種注釋服務(wù)

1. search

一次只支持一條序列的查詢，輸入fasta格式的蛋白序列，選擇對(duì)應(yīng)物種即可

2. eggNOG-mapper

支持多條序列的NOG注釋，提供了在線服務(wù)，也可以下載軟件到本地運(yùn)行。

支持diamond和hmmer兩種比對(duì)軟件，當(dāng)序列條數(shù)少于1000條時(shí)，選擇hmmer，當(dāng)序列多余1000條時(shí)，選擇diamond, 速度更快。本地版的eggNOG-mapper 的安裝和使用可以參考如下文檔

https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper/wiki

官網(wǎng)提供了下載服務(wù)，可以下載完整數(shù)據(jù)庫(kù)，也可以根據(jù)物種挑選合適的子數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行下載，示意如下

通過(guò)eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)，我們可以對(duì)新的蛋白序列進(jìn)行同源蛋白的注釋, 挖掘其功能。

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