怎么用docker工具eggnog進(jìn)行注釋

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利用docker工具eggnog進(jìn)行注釋，以擬南芥為例：

#非模式物種GO KEGG注釋與富集分析
#eggnog 數(shù)據(jù)庫(kù)下載之后解壓，放到一個(gè)目錄中

#啟動(dòng)鏡像
#docker run --rm --cpus 8 -m 16G -it -v /share/nas1/huangls/test/eggnog:/work -v /share/work/database/eggNOG/emapperdb-5.0.2/:/database  億速云/eggnog:latest


#一個(gè)基因提取一個(gè)pep代表序列
#python scripts/get_gene_fa.py --gff Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.gff3 \
#  -f Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.pep.all.fa  -p pep

#蛋白序列批量注釋
emapper.py -i pep.fa -o pep -m diamond --cpu 8 --seed_ortholog_evalue 1e-5 --override\
  --dmnd_db /database/eggnog_proteins.dmnd --data_dir /database/

-m指定diamond方法，默認(rèn)為hmmer方法。diamond在多于千條序列時(shí)才會(huì)體現(xiàn)速度優(yōu)勢(shì)，少量序列會(huì)感覺非常慢，而且結(jié)果也沒有hmmer的更準(zhǔn)確，尤其是對(duì)遠(yuǎn)源注釋方面。

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