Pfam數(shù)據(jù)庫有什么用

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在蛋白質(zhì)分子中，包含多個結(jié)構(gòu)特異并且功能區(qū)里的區(qū)域，這些區(qū)域稱之為domain， domain 可以看做蛋白質(zhì)功能的基本單位，蛋白質(zhì)的功能由包含的多個domain共同決定。研究domain, 可以更好的研究蛋白質(zhì)功能。

Pfam是蛋白質(zhì)家族的數(shù)據(jù)庫，根據(jù)多序列比對結(jié)果和隱馬爾可夫模型，將蛋白質(zhì)分為不同的家族。網(wǎng)址如下

http://pfam.xfam.org/

在該數(shù)據(jù)庫中，提供了以下2個不同層級蛋白質(zhì)家族信息。

1. family

每個family以PF編號唯一標(biāo)識，示意如下

所有的family可以分為以下6種類型

1. Family
   A collection of related protein regions

2. Domain
   A structural unit

3. Repeat
   A short unit which is unstable in isolation but forms a stable structure when multiple copies are present

4. Motifs
   A short unit found outside globular domains

5. Coiled-Coil
   Regions that predominantly contain coiled-coil motifs, regions that typically contain alpha-helices that are coiled together in bundles of 2-7.

6. Disordered
   Regions that are conserved, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular).

2. clan

對多個family進行相似性分析，將具有相似的三維結(jié)構(gòu)或者相同motif的family歸為一個clan, 可以看做是superfamily的概念，每個clan以CL編號標(biāo)識，示意如下

除此以外，還提供了物種的蛋白質(zhì)組信息，就是該物種內(nèi)所有的蛋白質(zhì)family 信息，示意如下

以human為例，其蛋白質(zhì)組的信息如下

其實就是該物種的所有蛋白質(zhì)對應(yīng)的Pfam的集合。

該數(shù)據(jù)庫最新版本為31.0, 于2017年3月更新，包含16712個蛋白質(zhì)家族信息。ftp地址如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/

后綴為hmm的文件是由HMMER3構(gòu)建的隱馬可夫模型，可用于序列比對。

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