Dfam數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用

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Transposable elements 轉(zhuǎn)座元件占真核生物基因組很大一部分，對(duì)轉(zhuǎn)座元件的精確注釋有助于研究其生物學(xué)特性，揭示基因組的進(jìn)化過(guò)程。

Dfam數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)多個(gè)真核生物的轉(zhuǎn)座元件進(jìn)行多序列比對(duì)，構(gòu)建了轉(zhuǎn)座元件的家族信息。官網(wǎng)如下

http://www.dfam.org/

目前最新版本為Dfam 2.0, 對(duì)于每個(gè)家族，以DF編號(hào)唯一標(biāo)識(shí)，示意圖如下

Dfam同時(shí)還提供了一個(gè)隱馬爾可夫模型，可以用于序列比對(duì)，下載地址如下

http://www.dfam.org/web_download/Release/Dfam_2.0/

和Dfam類似，還有一個(gè)Dfam Consensus 數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)基因組上的重復(fù)序列進(jìn)行了詳細(xì)分類，鏈接如下

http://www.dfam-consensus.org/#/public/te_classes/

Low_Complexity代表低復(fù)雜度序列，指的是富含某些堿基，比如富含AT的序列；Tandem_Repeat代表串聯(lián)重復(fù)序列，motif長(zhǎng)度為2-10bp的串聯(lián)重復(fù)序列稱為Simple_Repeat, 也叫做簡(jiǎn)單串聯(lián)重復(fù)序列或者為微衛(wèi)星序列，motif長(zhǎng)度在幾百bp左右的串聯(lián)重復(fù)序列，叫做Satellite, 衛(wèi)星DNA序列。

Interspersed_Repeat代表散落在基因組多個(gè)地方的重復(fù)序列，比如轉(zhuǎn)座子，假基因等序列。

RepeatMasker會(huì)利用這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)去分析基因組上的重復(fù)序列。該數(shù)據(jù)庫(kù)提供了重復(fù)元件的序列信息，可以下載。

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