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tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用

發(fā)布時間：2022-01-17 09:55:38 來源：億速云 閱讀：182 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

小編給大家分享一下tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

tRNAdb 收錄了來自577個物種的12000個tRNA基因和來自104個物種的623條tRNA序列，除了基本的序列信息外，還提供了二級結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)。

官網(wǎng)鏈接如下

http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/

官網(wǎng)提供了兩種檢索數(shù)據(jù)的方式，第一種是物種的進化樹瀏覽器，第二種是條件檢索框。

1. 進化樹瀏覽器

tRNAdb提供了進化樹的瀏覽方式，點擊+展開次級分類，從而查找某個具體的物種。

tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用

2. 條件檢索框

提供了多種條件檢索方式，可以按照基因/序列進行篩選，也可以按照轉(zhuǎn)運的氨基酸類型，甚至是按照二級結(jié)構(gòu)檢索，示意圖如下

tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用

檢索結(jié)果示意圖如下

tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用

檢索結(jié)果中給出了物種和轉(zhuǎn)運的氨基酸類型等基本信息，其中序列信息以二級結(jié)構(gòu)不同區(qū)域進行了劃分。tRNA的二級結(jié)構(gòu)是一個三葉草的形狀， 示意圖如下

tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用

在tRNAdb中，將二級結(jié)構(gòu)劃分成了以下幾個區(qū)域

  1. Acc-stem
    氨基酸接受莖

  2. D-stem
    D莖

  3. D-loop
    D環(huán)

  4. Ac-stem
    反密碼莖

  5. Ac-loop
    反密碼環(huán)

  6. V-region
    可變臂

  7. T-stem
    T莖

  8. T-loop
    T環(huán)

  9. CCA
    默端用于連接氨基酸的CCA


點擊眼睛圖標(biāo)可以查看某個tRNA二級結(jié)構(gòu)，示意圖如下

tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用


在檢索結(jié)果頁面底部，可以下載選中的tRNA序列

tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用

以上是“tRNAdb數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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