在R語言中如何將ENSEMBL ID轉(zhuǎn)換成Gene ID或者Symbol

這篇文章主要介紹了在R語言中如何將ENSEMBL ID轉(zhuǎn)換成Gene ID或者Symbol，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

AnnotationDbi 和 結(jié)合物種對應(yīng)的注釋文件，將ENSEMBL ID轉(zhuǎn)換成Gene ID(ENTREZID)

在R中如何利用ENSEMBL ID獲得Gene ID(ENTREZID), 又或者轉(zhuǎn)換為Gene Symbol，以人為例：

預(yù)先安裝AnnotationDbi 和 org.Hs.eg.db

加載org.Hs.eg.db

> library(org.Hs.eg.db)

獲取所有的ENSEMBL ID，并查看前五個ID

> k=keys(org.Hs.eg.db,keytype = "ENSEMBL")
> head(k,5)
[1] "ENSG00000121410" "ENSG00000175899" "ENSG00000256069" "ENSG00000171428" "ENSG00000156006"

基于提取的ENSEMBL ID，提取對應(yīng)的所有Gene ID(ENTREZID)，(以及Symbol），并查看一下提取的內(nèi)容。

> list=select(org.Hs.eg.db,keys=k,columns = c("ENTREZID","SYMBOL"), keytype="ENSEMBL")
'select()' returned 1:many mapping between keys and columns
> dim(list)
[1] 29140     3
> head(list,5)
          ENSEMBL ENTREZID SYMBOL
1 ENSG00000121410        1   A1BG
2 ENSG00000175899        2    A2M
3 ENSG00000256069        3  A2MP1
4 ENSG00000171428        9   NAT1
5 ENSG00000156006       10   NAT2

預(yù)先準備的ENSEMBL ID，如何找到他們對應(yīng)的Gene ID(ENTREZID)和Symbol，例如ID 中的，獲得的對應(yīng)關(guān)系：ID_list

> ID
 [1] "ENSG00000256069" "ENSG00000127837" "ENSG00000129673" "ENSG00000276016" "ENSG00000075624" "ENSG00000204262"
 [7] "ENSG00000149294" "ENSG00000069943" "ENSG00000173992" "ENSG00000166171" "ENSG00000177201"
> ID_list=list[match(ID,list[,"ENSEMBL"]),]
> ID_list
              ENSEMBL ENTREZID SYMBOL
3     ENSG00000256069        3  A2MP1
8     ENSG00000127837       14   AAMP
9     ENSG00000129673       15  AANAT
30    ENSG00000276016       29    ABR
59    ENSG00000075624       60   ACTB
1017  ENSG00000204262     1290 COL5A2
3856  ENSG00000149294     4684  NCAM1
7605  ENSG00000069943     9488   PIGB
8058  ENSG00000173992     9973    CCS
10155 ENSG00000166171    25911   DPCD
17531 ENSG00000177201   127064 OR2T12

感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“在R語言中如何將ENSEMBL ID轉(zhuǎn)換成Gene ID或者Symbol”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識等著你來學習!