R語(yǔ)言的ppi_network.r怎么用

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ppi_network.r  蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析

使用說(shuō)明：

$ Rscript $scriptdir/ppi_network.r -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/ppi_network.r [-h] -g gene.list [-s ann.db]
                                                [-t score_threshold]
                                                [-v version] [-p prefix]
                                                [-o outdir] [-H height]
                                                [-W width]
GO enrich analysis
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g gene.list, --gene.list gene.list
                        diff expressed gene list file, required
  -s ann.db, --species ann.db
                        NCBI taxonomy identifiers of the organism (e.g. 9606
                        for Human, 10090 for mouse). default 9606
  -t score_threshold, --score_threshold score_threshold
                        a threshold for the combined scores of the
                        interactions, such that any interaction below that
                        threshold is not loaded in the network (by default the
                        score threshold is set to 700)
  -v version, --version version
                        define the STRING version to be used [optional,
                        default: 11 ]
  -p prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: PPI ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 10]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 10]

參數(shù)說(shuō)明：

-g 指定基因列表文件為SYMBOL ID ：讀取文件的第一列為ID列表：STRING數(shù)據(jù)庫(kù)獲取網(wǎng)絡(luò)；

使用舉例：

Rscript $scriptdir/ppi_network.r -g ../04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv -p S1_vs_S2

到此，關(guān)于“R語(yǔ)言的ppi_network.r怎么用”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)?lái)更多實(shí)用的文章！