R語言的enrichKEGG_pip.r如何使用

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enrichKEGG_pip.r  KEGG 富集分析

使用說明:

$Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r -h
usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichKEGG_pip.r [-h] -g gene.list
                                                   [-d ann.db] [-t idtype]
                                                   [-s show.type]
                                                   [-O organism]
                                                   [-p pvalueCutoff]
                                                   [-q qvalueCutoff]
                                                   [-c showCategory]
                                                   [-n prefix] [-o outdir]
                                                   [-H height] [-W width]
KEGG enrich analysis : https://www.億速云.com/article/1503
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -g gene.list, --gene.list gene.list
                        diff expressed gene list file, required
  -d ann.db, --ann.db ann.db
                        org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit:
                        https://www.億速云.com/article/1244 [optional,
                        default: org.Hs.eg.db ]
  -t idtype, --idtype idtype
                        deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME
                        [optional, default: SYMBOL ]
  -s show.type, --show.type show.type
                        set example ID type name [optional, default: ENTREZID
                        ]
  -O organism, --organism organism
                        organism ,for more info visit:
                        https://www.億速云.com/article/787 [optional,
                        default: hsa ]
  -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff
                        pvalue cutoff on enrichment tests to report,
                        [optional, default: 0.05 ]
  -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff
                        qvalue cutoff on enrichment tests to report as
                        significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on
                        unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted
                        pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be
                        reported., [optional, default: 0.2 ]
  -c showCategory, --showCategory showCategory
                        how many KEGG Category to show, [optional, default: 10
                        ]
  -n prefix, --prefix prefix
                        the output file prefix [optional, default: KEGG ]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 5]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 7]

參數(shù)說明：

-g 輸入基因列表文件：  腳本會(huì)讀取第一列基因ID作為基因集：

-d 物種注釋數(shù)據(jù)庫： 人的：org.Hs.eg.db 

-t 指定輸入基因列表的ID類型

使用舉例:

Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \
  -o KEGG -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.01 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa \
  --idtype SYMBOL

讀到這里，這篇“R語言的enrichKEGG_pip.r如何使用”文章已經(jīng)介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識(shí)點(diǎn)還需要大家自己動(dòng)手實(shí)踐使用過才能領(lǐng)會(huì)，如果想了解更多相關(guān)內(nèi)容的文章，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。