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AWK怎么提取所有基因位置信息

發(fā)布時(shí)間：2022-03-18 17:39:20 來源：億速云 閱讀：303 作者：iii 欄目：開發(fā)技術(shù)

這篇文章主要介紹了AWK怎么提取所有基因位置信息的相關(guān)知識(shí)，內(nèi)容詳細(xì)易懂，操作簡單快捷，具有一定借鑒價(jià)值，相信大家閱讀完這篇AWK怎么提取所有基因位置信息文章都會(huì)有所收獲，下面我們一起來看看吧。

從基因組注釋信息GFF文件中提取所有基因位置信息

gff文件當(dāng)中存儲(chǔ)了基因組當(dāng)中所有基因的注釋信息，如果想得到基因組當(dāng)中所有基因的位置信息可以利用awk命令批量的提取，命令如下：

$ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head
1       3631    5899    AT1G01010
1       6788    9130    AT1G01020
1       11649   13714   AT1G01030
1       23121   31227   AT1G01040
1       31170   33171   AT1G01050
1       33365   37871   AT1G01060
1       38444   41017   AT1G01070
1       44970   47059   AT1G01080
1       47234   49304   AT1G01090
1       49909   51210   AT1G01100

關(guān)于“AWK怎么提取所有基因位置信息”這篇文章的內(nèi)容就介紹到這里，感謝各位的閱讀！相信大家對(duì)“AWK怎么提取所有基因位置信息”知識(shí)都有一定的了解，大家如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。

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