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perl如何提取進(jìn)化樹中基因的順序

發(fā)布時(shí)間：2022-02-23 11:56:48 來源：億速云 閱讀：225 作者：小新 欄目：開發(fā)技術(shù)

小編給大家分享一下perl如何提取進(jìn)化樹中基因的順序，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

提取進(jìn)化樹中基因的順序

進(jìn)化樹中基因是有順序的，有些時(shí)候我們會(huì)需要用到這個(gè)基因列表，如果，手動(dòng)來做就會(huì)比較麻煩。哪有什么快速的方法嗎？

其實(shí)有的，進(jìn)化樹的nwk文件中就有基因的順序：如下：

(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));

能夠發(fā)現(xiàn)圖中枝的順序就是nwk文件中的順序，這樣我們只需要提取這個(gè)順序即可。這里我寫了一個(gè)腳本，如下：

用法：

perl  nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt

in.nwk 為輸入的nwk文件，out.txt是輸出的基因ID文件。

腳本代碼；

use Getopt::Long;
use strict;

my %opts;
GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");
open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";
open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
my $str = $_;
$str =~ s/\d\.\d+//g;
$str =~ s/\(//g;
$str =~ s/\)//g;
$str =~ s/://g;
$str =~ s/;//g;

my @line = split(",",$str);
print OUT join("\n",@line);
}
close(IN);
close(OUT);

以上是“perl如何提取進(jìn)化樹中基因的順序”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！

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