如何進(jìn)行aCGH芯片分析

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aCGH芯片是一種雙色芯片，通過紅綠兩種熒光的比值，通常稱之為log2 ratio, 來反應(yīng)測試樣本相對對照樣本的DNA拷貝數(shù)變化。aCGH芯片的分析，通常包含以下三個(gè)步驟

1. 歸一化

歸一化的作用有兩個(gè)，第一個(gè)是校正系統(tǒng)誤差，第二個(gè)是使得不同樣本的log2 ratio可以直接比較。在aCGH芯片種，系統(tǒng)誤差包含以下幾種

1. intensity bias, 熒光信號(hào)強(qiáng)度的誤差

2. spatial bias, 空間誤差，如下圖所示，載玻片上不同位置， 即不同spot的log2 ratio值分布有差異
   

3. plate bias, 芯片上的spot分屬于不同的plate, 不同plate的log2 ratio分布也有明顯差異

4. background bias, 背景誤差，測量到的熒光強(qiáng)度中有一部分來自背景熒光

   
   

   
   

   原始的芯片數(shù)據(jù)只有經(jīng)過了歸一化之后，才可以進(jìn)行下一步分析。

2. segmentation

segmentation這一步是將基因組劃分為不重疊的區(qū)域，每個(gè)區(qū)域內(nèi)的拷貝數(shù)是一致的， 如下圖所示

藍(lán)色的點(diǎn)代表log2 ratio值，紅色的線代表劃分好之后的區(qū)域，每個(gè)區(qū)域內(nèi)的log2 ratio校正到一個(gè)統(tǒng)一的值，比如均值。劃分好的每個(gè)區(qū)域稱之為segment，不同區(qū)域之間的點(diǎn)稱之為breakpoint。

3. calling

calling的意思是分析每個(gè)segment上的拷貝數(shù)變化，根據(jù)segment片段對應(yīng)的log2 ration值，只能夠得到結(jié)論，測試樣本相對對照樣本的拷貝數(shù)變化，有以下3種情況

1. normal, 拷貝數(shù)沒有發(fā)生變化, 通常用數(shù)字0表示

2. loss, 拷貝數(shù)減少，通常用數(shù)字-1表示

3. gain, 拷貝數(shù)增多，通常用數(shù)字+1表示，當(dāng)增加的很多，對于二倍體，通常大于5時(shí)，稱之為amplification

   
   

分析aCGH芯片的軟件很多，不同軟件歸一化，segmention的算法會(huì)有所不同，但是分析的步驟都是上述這幾步，為了方便下游分析，有一種存儲(chǔ)拷貝數(shù)變異的文件格式，稱之為SEG, 內(nèi)容示意如下

是一種\t分隔的穿文本格式，第一列是樣本ID, 第二列到第四列描述的是segment對應(yīng)的染色體區(qū)域，第五列代表該segment區(qū)域包含的探針個(gè)數(shù)，在基于NGS的CNV分析中，這一列表示包含的bin區(qū)間的個(gè)數(shù)，第六列代表該區(qū)域內(nèi)log2 ratio的均值。

以上就是如何進(jìn)行aCGH芯片分析，小編相信有部分知識(shí)點(diǎn)可能是我們?nèi)粘９ぷ鲿?huì)見到或用到的。希望你能通過這篇文章學(xué)到更多知識(shí)。更多詳情敬請關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。