R語(yǔ)言怎么安裝芯片原始數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的包

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芯片原始數(shù)據(jù)下載后進(jìn)行質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)化除了基于相關(guān)的軟件外，也可以利用bioconductor的幾個(gè)包，不過(guò)需要注意介于R版本的問(wèn)題，包的安裝基于install.packages可能安裝不成功。

具體安裝方法最好去網(wǎng)站查找R包和對(duì)應(yīng)R版本，新老版本的R差別可能會(huì)很大。

下面基于R version 3.5.1下面基于列舉幾個(gè)芯片原始數(shù)據(jù)質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)化的包

1、affy  針對(duì)affymetrix 芯片CEL文件進(jìn)行分析標(biāo)準(zhǔn)化，標(biāo)準(zhǔn)化算法RMA、 MAS5，可以分別對(duì)應(yīng)rma和mas5兩個(gè)函數(shù)直接對(duì)affybatch操作，獲得標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("affy", version = "3.8")

2、lumi 可以對(duì)Illumina microarray為標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("lumi", version = "3.8")

Illumina beadarray 還可以基于beadarray包進(jìn)行預(yù)處理

3、limma除進(jìn)行芯片數(shù)據(jù)差異表達(dá)篩選外，也可以進(jìn)行芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化處理，包括agilent芯片

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma", version = "3.8")

以上就是關(guān)于“R語(yǔ)言怎么安裝芯片原始數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的包”這篇文章的內(nèi)容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內(nèi)容對(duì)大家有幫助，若想了解更多相關(guān)的知識(shí)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。