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perl如何從MEGA進(jìn)化樹分析結(jié)果的nwk文件中提取基因ID

發(fā)布時(shí)間：2022-02-23 11:58:48 來源：億速云 閱讀：543 作者：小新 欄目：開發(fā)技術(shù)

小編給大家分享一下perl如何從MEGA進(jìn)化樹分析結(jié)果的nwk文件中提取基因ID，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！

從nwk文件中提取基因ID

之前多次遇到需要從nwk文件中提取基因ID的情況，為此寫了一腳本，可以實(shí)現(xiàn)此操作。

用法：

perl  nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt

in.nwk 為輸入的nwk文件，out.txt是輸出的基因ID文件。

腳本代碼；

use Getopt::Long;
use strict;

my %opts;
GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");
open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";
open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
my $str = $_;
$str =~ s/\d\.\d+//g;
$str =~ s/\(//g;
$str =~ s/\)//g;
$str =~ s/://g;
$str =~ s/;//g;

my @line = split(",",$str);
print OUT join("\n",@line);
}
close(IN);
close(OUT);

看完了這篇文章，相信你對(duì)“perl如何從MEGA進(jìn)化樹分析結(jié)果的nwk文件中提取基因ID”有了一定的了解，如果想了解更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！

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