怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線

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R語言 vegan包計算物種累計曲線

vegan 包是進(jìn)行群落數(shù)據(jù)分析最常用的R包，其中的 specaccum 函數(shù)用來計算物種的累計曲線。

輸入數(shù)據(jù)，otutable：列表示不同的物種，行表示不同的采樣點(diǎn)，中間的數(shù)字代表物種豐度：

示例代碼:

require(vegan)
otu <- read.table("otu_table.txt", header = T,
                       sep = "\t",row.names=1)
all <- specaccum(otu, method = "random")  
png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300)
plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0,
    ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",
    ylab = "Number of  species")
boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+")
dev.off()

最終的物種累計曲線中，橫坐標(biāo)是樣本個數(shù)，縱坐標(biāo)是發(fā)現(xiàn)的物種個數(shù)，隨著樣本個數(shù)的增加，發(fā)現(xiàn)的物種個數(shù)也不斷增加；物種累計曲線反應(yīng)的就是抽樣個數(shù)對物種多樣性的影響；如果曲線末端部分呈現(xiàn) 急劇上升的趨勢，表明抽樣量不足；增加樣本量，還能繼續(xù)發(fā)現(xiàn)新的物種；當(dāng)曲線末端上升趨勢趨于平緩時，則表明采樣量足夠。

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