R語言中怎么用network.r繪制網(wǎng)絡(luò)圖

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network.r繪制網(wǎng)絡(luò)圖，邊權(quán)重信息決定網(wǎng)絡(luò)中邊的粗細(xì)，節(jié)點的度決定節(jié)點大小，根據(jù)節(jié)點類別填充節(jié)點顏色；提取網(wǎng)絡(luò)的最大子圖，輸出構(gòu)成最大子圖的節(jié)點并繪制子圖網(wǎng)絡(luò)。

使用方法:

Rscript network.r -h
usage: network.r [-h] -e filepath -v filepath -f from -t to -w weight -g group
                 [--isolated] [-l style] [--label.node] [--sub_label.node]
                 [-o path] [-n prefix] [-H number] [-W number]

network plot:https://www.億速云.com/article/1531

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -e filepath, --edge filepath
                        input the edge information of network,[required]
  -v filepath, --vertex filepath
                        input the vertex information of network,[required]
  -f from, --from from  the name of the start gene column [required]
  -t to, --to to        the name of the end gene column[required]
  -w weight, --combined_score weight
                        the name of the edge weight column[required]
  -g group, --group group
                        input group id in vertex file, can set multi
                        groups[required]
  --isolated            delete isolated vertex [optional, default: False]
  -l style, --layout style
                        set Network display style,c('star', 'circle', 'gem',
                        'dh', 'graphopt', 'grid', 'mds', 'randomly', 'fr',
                        'kk', 'drl', 'lgl'),[default fr]
  --label.node          show node name [optional, default: TRUE]
  --sub_label.node      show node name of sub-network [optional, default:
                        TRUE]
  -o path, --outdir path
                        output file directory [default cwd]
  -n prefix, --name prefix
                        out file name prefix [default demo]
  -H number, --height number
                        the height of pic inches [default 12]
  -W number, --width number
                        the width of pic inches [default 12]

參數(shù)說明：

-e   網(wǎng)絡(luò)圖的邊信息文件路徑，文件中包含邊的起始節(jié)點，結(jié)尾節(jié)點，以及邊的權(quán)重信息

-v   網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點信息文件路徑，文件中包含節(jié)點（節(jié)點名與邊信息文件中起始節(jié)點名，結(jié)尾節(jié)點名相對應(yīng)）和節(jié)點類別信息

-f   邊信息文件中起始節(jié)點列名

-t   邊信息文件中結(jié)尾節(jié)點列名

-w  邊信息文件中邊權(quán)重列名

-g   節(jié)點信息文件中節(jié)點類別列名

-i   網(wǎng)絡(luò)圖中是否隱藏孤立節(jié)點，默認(rèn)不隱藏

-L  是否標(biāo)注完整網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點名，默認(rèn)標(biāo)注

-S  是否標(biāo)注最大子圖中節(jié)點名，默認(rèn)標(biāo)注

到此，相信大家對“R語言中怎么用network.r繪制網(wǎng)絡(luò)圖”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進(jìn)入相關(guān)頻道進(jìn)行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！