pRRophetic包怎么用

發(fā)布時間：2022-03-21 14:37:51 來源：億速云閱讀：1166 作者：iii 欄目：開發(fā)技術

這篇文章主要介紹“pRRophetic包怎么用”，在日常操作中，相信很多人在pRRophetic包怎么用問題上存在疑惑，小編查閱了各式資料，整理出簡單好用的操作方法，希望對大家解答”pRRophetic包怎么用”的疑惑有所幫助！接下來，請跟著小編一起來學習吧！

pRRophetic包預測藥物敏感性

pRRophetic包是一個比較古老的R包，主要用途就是從基因表達數據預測表型（即使用癌癥基因組計劃CGP細胞系數據預測臨床結果），預測外部細胞系（CCLE）的藥物敏感性，也可用于臨床數據的預測。

這個包不能在Rstudio直接安裝，需要外部下載壓縮包之后導進R。包可以從http://genemed.uchicago.edu/~pgeeleher/pRRophetic/下載，下載完成后首先要在R中安裝他的依賴包

BiocManager::install(c('sva', 'car', 'genefilter', 'preprocessCore', 'ridge'))

之后運行下面這條命令進行安裝pRRophetic包

install.packages("pRRophetic_0.5.tar.gz", repos = NULL, dependencies = TRUE)

根據基因表達譜數據進行預測患者化療效果，基因表達譜數據中行名為基因名，并且數據為matrix矩陣

predictedType<-pRRopheticPredict(exp,"Axitinib",selection = 1)  #以Axitinib為例，預測患者對Axitinib的敏感性

之后會獲得每個患者對Axitinib敏感性，后續(xù)可結合樣本的分組進行檢驗，觀察基于該藥物敏感性的組間差異

到此，關于“pRRophetic包怎么用”的學習就結束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習，快去試試吧！若想繼續(xù)學習更多相關知識，請繼續(xù)關注億速云網站，小編會繼續(xù)努力為大家?guī)砀鄬嵱玫奈恼拢?/p>

向AI問一下細節(jié)

猜你喜歡