怎么探索DNA甲基化的組織特異性

該課題的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是，從4個(gè)尸體解剖的人身上提取17種不同的組織部位去做450K甲基化芯片數(shù)據(jù)，在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50192 所以是17*4=68個(gè)芯片數(shù)據(jù)，不知道為什么上面是70個(gè)，可能是有兩個(gè)樣品測(cè)了兩次吧。該數(shù)據(jù)是以 GSE50192_GPL13534_Matrix_signal_intensities_raw_data.txt.gz 形式公開(kāi)，不過(guò)也有 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE50nnn/GSE50192/matrix/GSE50192_series_matrix.txt.gz 文件，非常方便處理。

這4個(gè)尸體解剖的人死亡原因分別是；

• intracerebral hemorrhage (BM419/4; female, 60 years old),
• heart attack with acute cardiac insufficiency (KA522; male, 53 years old),
• heart attack (KT538; male, 40 years old),
• intracerebral hemorrhage (SJ600-5; male, 54 years old).

我推測(cè)研究者肯定是拿全部的45萬(wàn)個(gè)甲基化位點(diǎn)的信號(hào)值計(jì)算相關(guān)性，所以結(jié)論是The methylation patterns were found to be well conserved between the 17 various tissues that were studied。如下：

另外很重要的結(jié)論是：

• only 2.2% of all the CpGs (10,707 CpGs representing 4,416 genes) were hypermethylated in all of the samples (beta values >0.9).
• On the other hand, 14.9% of CpGs (72,444 CpGs representing 12,604 genes) were hypomethylated in all of the samples (beta values <0.1).

然后作者就探索這樣的甲基化位點(diǎn)所在的基因功能區(qū)域分布情況，已經(jīng)上面的基因功能。

然后采用一對(duì)多的差異分析策略，去分別獨(dú)立探索每個(gè)組織與所有的其它組織的tissue-specific differentially methylated regions (tDMRs) ，得到的數(shù)量分布如下：

學(xué)徒作業(yè)：根據(jù)文末的甲基化教程目錄以及教學(xué)視頻，下載這個(gè)GSE50192數(shù)據(jù)集，并且把甲基化位點(diǎn)注釋后區(qū)分開(kāi)來(lái)，獨(dú)立繪制甲基化信號(hào)值熱圖。因?yàn)槲挥诨蚪M不同功能區(qū)域的甲基化探針信號(hào)值代表的生物學(xué)意義不一樣，包括5’ UTR, first exon, gene body, 3’ UTR, CpG island, CpG shore, CpG shelf，這些注釋，都是在廠商提供注釋文件信息里面。