Cochran-Armitage趨勢(shì)檢驗(yàn)在關(guān)聯(lián)分析中的應(yīng)用是怎樣的

這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會(huì)給大家?guī)碛嘘P(guān)Cochran-Armitage趨勢(shì)檢驗(yàn)在關(guān)聯(lián)分析中的應(yīng)用是怎樣的，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

Cochran-Armitage trend test，簡(jiǎn)稱為CAT趨勢(shì)檢驗(yàn)，是由William Cochran和Peter Armitage提出的一種分析兩個(gè)分類變量關(guān)聯(lián)性的檢驗(yàn)方法，和卡方檢驗(yàn)不同的是，該方法要求其中一個(gè)分類變量必須只有兩個(gè)類別，另外一個(gè)變量則是一個(gè)有序的分類變量。

簡(jiǎn)而言之，該方法適用于處理2 x K的分類數(shù)據(jù)，這里的K是一個(gè)有序變量, K最小值為3。該方法用來探究有序變量在各組中的發(fā)生率和對(duì)應(yīng)的排序之間是否存在線性關(guān)系，有點(diǎn)類似邏輯回歸。

下圖所示是一個(gè)K=3的例子

CAT檢驗(yàn)構(gòu)建了一個(gè)統(tǒng)計(jì)量T.  計(jì)算過程如下

這里的t代表的是每個(gè)k的權(quán)重，是k變量的排序順序， 也稱之為k的趨勢(shì)。兩組間的差異通過N1 x R2 - N2 x R1來體現(xiàn)，通過系數(shù)t來對(duì)k的不同取值進(jìn)行加權(quán)，即將原始的差異結(jié)果乘以一個(gè)系數(shù)。T這個(gè)統(tǒng)計(jì)量看作是兩組間差異量加權(quán)后的總和。

對(duì)該統(tǒng)計(jì)量進(jìn)行卡方檢驗(yàn)，計(jì)算公式如下

該方法常用于case/control的基因型關(guān)聯(lián)分析，示意如下

在進(jìn)行分析時(shí)，可以根據(jù)遺傳模型對(duì)基因型進(jìn)行加權(quán)。對(duì)于case/control的關(guān)聯(lián)分析而言，遺傳模型是未知的，通常采用加性模型，也稱之為共顯性模型進(jìn)行分析。包含的突變Allel的個(gè)數(shù)需要相加，對(duì)應(yīng)的系數(shù)為（0,1,2)。

和卡方檢驗(yàn)相比，其檢驗(yàn)效能更佳，上述示例在R中分析的代碼如下

卡方檢驗(yàn)p值不顯著，而CAT趨勢(shì)檢驗(yàn)的p值顯著。CAT檢驗(yàn)稱之為趨勢(shì)卡方檢驗(yàn)，作為傳統(tǒng)卡方檢驗(yàn)的一種有效補(bǔ)充，在關(guān)聯(lián)分析中廣泛使用，加強(qiáng)了檢驗(yàn)的效能，可以更好的挖掘關(guān)聯(lián)信號(hào)。

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