大數(shù)據(jù)中如何繪制曼哈頓圖

這篇文章主要為大家展示了“大數(shù)據(jù)中如何繪制曼哈頓圖”，內(nèi)容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“大數(shù)據(jù)中如何繪制曼哈頓圖”這篇文章吧。

曼哈頓圖的命名得益于其形狀，和紐約市曼哈頓區(qū)鱗次櫛比的大樓非常相近，曼哈頓區(qū)是摩天大樓最多的城市，標(biāo)志性的景觀如下

曼哈頓圖示意如下

每條染色體可以看做是一座高樓，整體看上去形似曼哈頓區(qū)的摩天大樓，所以稱之為曼哈頓圖。

了解了曼哈頓圖的命名，再來看下它所展示的信息。從上圖可以看出，曼哈頓圖的x軸為snp位點(diǎn)在染色體上的位置，y軸為SNP位點(diǎn)對應(yīng)的p值。從本質(zhì)上來看，屬于散點(diǎn)圖。有x軸和y軸的坐標(biāo)，人人都可以畫散點(diǎn)圖，那為何曼哈頓圖的繪制看上去并非如此簡單呢？

秘密就在于SNP位點(diǎn)的染色體位置，對于不同的染色體，在標(biāo)記位置時都是從1開始計(jì)數(shù)的，比如1號和2號染色體的12bp對應(yīng)的是兩個snp位點(diǎn)。通過染色體和位置兩列信息相結(jié)合， 可以唯一表征snp位點(diǎn)的位置。

然而在繪制散點(diǎn)圖時，x軸只能用1個數(shù)值來表示。在曼哈頓圖中，將染色體線性排列，1號染色體的位置不變，2號染色體的位置在原來的基礎(chǔ)上再加上的1號染色體的總長度，然后依次類推，通過這樣一種形式，將原始輸入文件中染色體和位置兩列信息，轉(zhuǎn)換為繪圖所用的x軸坐標(biāo)信息。

在實(shí)際分析中，通過qqman這個R包可以來實(shí)現(xiàn)曼哈頓圖的繪制，用法如下

輸出結(jié)果如下所示

可以看到，只需要準(zhǔn)備好同樣格式的輸入文件，繪制曼哈頓圖就是幾秒鐘的事情。曼哈頓圖展示了每個SNP位點(diǎn)的p值信息，圖中的兩個水平橫線對應(yīng)篩選顯著位點(diǎn)的閾值，一個對應(yīng)的p值是1e-5，另一個對應(yīng)的p值是5e-8。

當(dāng)然該R包還提供了很多的功能，比如高亮標(biāo)記指定的snp位點(diǎn)等，改變?nèi)旧w顯示的名稱等等，能夠滿足基本需求，但是還是由許多限制，比如不能展示性染色體。該包的源代碼中會自動對數(shù)據(jù)過濾，只保留常染色體上的SNP位點(diǎn)。

使用別人的R包就是這個樣子，別人給你什么，你用什么，想要個性化，要么通知R包的開發(fā)者新增功能，當(dāng)然人家不一定會買賬，要么自己來。

將qqman中的核心源代碼部分截取出來，如下

這里省略了顏色的賦值，可以看到，大部分的工作是在計(jì)算snp位點(diǎn)對應(yīng)的x軸坐標(biāo)，畫圖的代碼只有寥寥幾句。

理解了曼哈頓圖的本質(zhì)，就可以自已用R或者熟悉的軟件來定制曼哈頓圖。

以上是“大數(shù)據(jù)中如何繪制曼哈頓圖”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！