如何進(jìn)行cBioportal使用

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cBioportal使用教程

cBioportal這個(gè)網(wǎng)站，促進(jìn)多維度癌癥基因集數(shù)據(jù)的探索，可以允許跨gene，樣本和數(shù)據(jù)類型的可視化分析。用戶可以可視化一個(gè)癌癥研究中多樣本間基因改變的模式，并比較點(diǎn)多癌癥研究中gene改變頻率，或者在一個(gè)個(gè)體腫瘤樣本中總結(jié)概括所有的相關(guān)的基因組改變。這個(gè)網(wǎng)站也支持生物通路探索，生存分析，基因改變間的相互獨(dú)特性分析，可選擇性的數(shù)據(jù)下載，編程接口和可以用于發(fā)表的可視化總結(jié)。

整合進(jìn)cBioPortal的基因組數(shù)據(jù)類型包括體細(xì)胞突變，DNA copy-number alterations（CNAs），Mrna和microRNA(miRNA)表達(dá)，DNA甲基化，蛋白質(zhì)富集，磷酸化蛋白富集。目前，網(wǎng)站包含從多個(gè)癌癥研究的數(shù)據(jù)集。

網(wǎng)站的簡(jiǎn)化概念是在基因水平整合多種數(shù)據(jù)類型，然后詢問(wèn)每個(gè)sample中專門的生物學(xué)事件的呈現(xiàn)（例如，基因突變，基因純和刪除，基因擴(kuò)增，上調(diào)或下調(diào)的mRNA或miRNA）,蛋白的上下調(diào)等。這使得用戶可以查詢每個(gè)gene和每個(gè)樣本的的遺傳學(xué)改變，并檢驗(yàn)復(fù)發(fā)（某些特殊癌癥）。

cBioportal是一個(gè)國(guó)外網(wǎng)站，在訪問(wèn)時(shí)最好有vpn，否則打開的會(huì)很慢甚至打不開。

例子：分析PTEN基因在肝癌中的基因組和拷貝數(shù)

step1：選擇癌癥種類，也就是研究對(duì)象。在cBioPortal中至少包含32個(gè)癌癥種類，240個(gè)study，基本覆蓋所有常見(jiàn)腫瘤。

step2：選擇所要分析的數(shù)據(jù)類型，這里的數(shù)據(jù)類型往往包括以下幾種：Mutations（突變），putative copy-number alterations（拷貝數(shù)變異），mRNA expression z-score（基因表達(dá)），這里我們選擇默認(rèn)的突變和拷貝數(shù)變異。

step3：輸入所要分析的基因PTEN

提交后即可分析

1.oncoprint顯示7%的樣本發(fā)生基因改變，類型大部分為PTEN缺失

2.plot可以繪制各種比較結(jié)果圖，并可以根據(jù)需要更改參數(shù)

3.co-expression可以查看所分析基因與其他基因的相關(guān)性

4.通過(guò)comparison/survival繪制查看生存曲線

5.通過(guò)pathway查看所分析基因的通路信息

除此之外，通過(guò)cBioPortal得到的一系列分析結(jié)果都可以下載保存

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