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mSignatureDB是一個什么數(shù)據(jù)庫

發(fā)布時間：2022-01-15 15:41:45 來源：億速云 閱讀：214 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

小編給大家分享一下mSignatureDB是一個什么數(shù)據(jù)庫，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

mSignatureDB是一個腫瘤突變特征的數(shù)據(jù)庫，以COSMIC數(shù)據(jù)庫中收錄的30種突變特征作為參照，分析了來自TCGA和ICGC中約15000多個腫瘤樣本中這30種突變特征的構成。

數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://tardis.cgu.edu.tw/msignaturedb/Browse/

通過Browse菜單，可以查看腫瘤樣本中30種突變特征的構成，分成了以下3個層次

  1. project

  2. primary site

  3. country

  4. sample


結果以氣泡圖的形式呈現(xiàn)， 鼠標點擊可以看到每個特征的具體貢獻率，示意如下

mSignatureDB是一個什么數(shù)據(jù)庫

通過Search按鈕，可以查看以下信息

1. summary

給出了對應的突變頻譜，結果示意如下

mSignatureDB是一個什么數(shù)據(jù)庫

2. Ti/Tv

Transition/Transversion, 簡稱Ti/Tv, 表示置換/顛換比值， 結果示意如下

mSignatureDB是一個什么數(shù)據(jù)庫

3. 與臨床數(shù)據(jù)的關聯(lián)

將signature的構成作為每個腫瘤樣本的特征，對樣本進行聚類，并探究與臨床信息的關系， 以腫瘤不同階段為例，結果示意如下

mSignatureDB是一個什么數(shù)據(jù)庫

通過Analysis菜單，可以上傳自己的體細胞突變數(shù)據(jù)，進行以下兩種分析

  1. deconstructSigs，檢測樣本中30種 COSMIC refernce突變特征的構成

  2. WTSI Mutational Signature Framework,  利用和COSMIC相同的算法來識別mutation signatures, 本質(zhì)上是通過調(diào)用mutSignatures這個R包來實現(xiàn)


通過該數(shù)據(jù)庫不僅可以查看TCGA腫瘤樣本中突變特征的構成，也可以對自己的數(shù)據(jù)進行突變特征的相關分析。

以上是“mSignatureDB是一個什么數(shù)據(jù)庫”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業(yè)資訊頻道！

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