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oncomirdb是一款什么miRNA數(shù)據(jù)庫

發(fā)布時間：2022-01-15 15:36:24 來源：億速云 閱讀：106 作者：小新 欄目：大數(shù)據(jù)

小編給大家分享一下oncomirdb是一款什么miRNA數(shù)據(jù)庫，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

oncomirdb通過文獻檢索的方式，從pubmed的多篇文獻中收集整理出了腫瘤相關的miRNA信息，對應的文章發(fā)表在bioinformatics上，鏈接如下

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/15/2237/2389945

網址如下

http://lifeome.net/database/oncomirdb/

將符合以下條件的miRNA定義為腫瘤相關的miRNA

  1. 該miRNA調控原癌基因或者抑癌基因

  2. 該miRNA與腫瘤的表型或者細胞過程相關


而且必須是文獻中有對應的實驗手段驗證的過的，才會收錄到該數(shù)據(jù)庫中。目前，該數(shù)據(jù)庫共收錄了328個miRNA和對應的829個靶基因。

通過首頁的search菜單，可以根據(jù)miRNA ID, 腫瘤類型，組織類型等多種字段進行檢索，以乳腺癌為例，檢索結果如下所示

1. table

在表格中給出了腫瘤相關的miRNA,靶基因，功能，對應的文獻等信息，示意如下

oncomirdb是一款什么miRNA數(shù)據(jù)庫

點擊more, 可以查看詳細信息，示意如下

oncomirdb是一款什么miRNA數(shù)據(jù)庫

2. network

將該腫瘤中miRNA和靶基因的調控關系以網絡的形式進行展現(xiàn)，示意如下

oncomirdb是一款什么miRNA數(shù)據(jù)庫

藍色節(jié)點代表miRNA, 黃色節(jié)點代表對應的靶基因。該數(shù)據(jù)庫中收錄的miRNA與腫瘤的關系，都有對應的文獻支持，在研究腫瘤相關的miRNA時，非常值得參考。


以上是“oncomirdb是一款什么miRNA數(shù)據(jù)庫”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業(yè)資訊頻道！

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