pathway common是一款什么數(shù)據(jù)庫

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network based analysis, 基于網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)分析，是目前最常見的研究基因功能的方法，最典型的有pathway和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的分析，基因間的相互作用構(gòu)成了一個網(wǎng)絡(luò)，通過基于網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)的挖掘算法，挖掘潛在的hub基因。

基因的功能注釋來源于數(shù)據(jù)庫，對于pathway而言，有kegg pathway, reactome等數(shù)據(jù)庫，對于ppi而言，有string, IntAct等數(shù)據(jù)庫，不同數(shù)據(jù)庫收錄的數(shù)據(jù)內(nèi)容和格式都不盡相同，為了更加方便的檢索各種數(shù)據(jù)庫，有科學(xué)家整合了多個pathway和ppi先關(guān)的數(shù)據(jù)庫中的信息，構(gòu)建了一個綜合性的網(wǎng)站，pathway common。

數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

https://www.pathwaycommons.org/

最初版本整合了包括BioGRID, HPRD, IncAct等共9個pathway和基因interactions的數(shù)據(jù)庫中的信息，詳細(xì)列表如下

后來又進(jìn)一步整合了以下數(shù)據(jù)庫中的信息

1. kegg  pathway

2. PANTHER pathway

3. Wikipathways

4. NCI Pathway Interaction Database:Pathway

5. NetPath

   
   

通過首頁的Search功能，可以根據(jù)pathway或者基因名稱來檢索數(shù)據(jù)庫中的信息，以TP53為例，結(jié)果示意如下

包含了該基因相關(guān)的相互作用interactions和pathway兩種信息, 示意如下

1. interactions

利用各個數(shù)據(jù)庫中收錄的基因相互作用信息，繪制如下的基因互作網(wǎng)絡(luò)

2. Enrichment

如果一次5個以上的基因進(jìn)行檢索，在Enrichment中會展示輸入的基因列表所富集的通路，示意如下

3. pathway

點(diǎn)擊每條pathway, 可以查看詳細(xì)的通路圖，示意如下

通過官網(wǎng)的PCViz功能，可以查看多個基因間功能互作網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果示意如下

pathway common數(shù)據(jù)庫提供了一個統(tǒng)一的數(shù)據(jù)交互格式BioPAX, 所有的數(shù)據(jù)都可以通過以下FTP地址下載得到

https://www.pathwaycommons.org/archives/

通過該數(shù)據(jù)庫，可以方便的開展基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能研究，當(dāng)然這種整合性數(shù)據(jù)庫在方便的同時(shí)也有來源數(shù)據(jù)庫的限制，沒有一個數(shù)據(jù)庫可以涵蓋所有相關(guān)的數(shù)據(jù)庫，比如ppi最常用的string數(shù)據(jù)庫就沒有包含在其中，但是對于pathway而言，該數(shù)據(jù)庫算得上是非常全面了。

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