miRNA合成及miRNA命名的方法

本篇內(nèi)容介紹了“miRNA合成及miRNA命名的方法”的有關(guān)知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！

miRNA合成過程，以及miRNA命名方式，編號規(guī)則

        MicroRNA （miRNA） 是一類內(nèi)生的、長度約為20-24個核苷酸的小RNA，其在細(xì)胞內(nèi)具有多種重要的調(diào)節(jié)作用。每個miRNA可以有多個靶基因，而幾個miRNA也可以調(diào)節(jié)同一個基因。這種復(fù)雜的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)既可以通過一個miRNA來調(diào)控多個基因的表達(dá)，也可以通過幾個miRNA的組合來精細(xì)調(diào)控某個基因的表達(dá)。據(jù)推測，miRNA調(diào)節(jié)著人類三分之一的基因。最近的研究表明大約70 %的哺乳動物miRNA 是位于TUs區(qū)( transcriptionunits , TUs )  , 且其中大部分是位于內(nèi)含子區(qū) 。一些內(nèi)含子miRNA 的位置在不同的物種中是高度保守的。miRNA 不僅在基因位置上保守, 序列上也呈現(xiàn)出高度的同源性 。miRNA 高度的保守性與其功能的重要性有著密切的關(guān)系。miRNA 與其靶基因的進(jìn)化有著密切的聯(lián)系, 研究其進(jìn)化歷史有助于進(jìn)一步了解其作用機制和功能。

miRNA的生物合成

miRNA是一種小的、內(nèi)源性的、長度為20-24個核苷酸的單鏈RNA，由發(fā)夾狀初始轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物經(jīng)過加工后形成，它的序列存在于發(fā)夾狀莖環(huán)結(jié)構(gòu)中的莖上。

在動物中，miRNA基因在RNA聚合酶II的作用下轉(zhuǎn)錄生成miRNA初級轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物primary miRNA（pri-miRNA），pri-miRNA在細(xì)胞核內(nèi)被Drosha蛋白加工為miRNA前體precursor miRNA（pre-miRNA），pre-miRNA在exportin-5的介導(dǎo)下運輸?shù)桨麧{，在細(xì)胞質(zhì)中進(jìn)一步由dicer酶加工為成熟的miRNA。

miRNA的5p和3p

     有的miRNA前體兩個臂分別產(chǎn)生一條有功能的成熟miRNA，他們分別靶向不同的位點。這時候就要來進(jìn)行區(qū)分，一般以“-5p”和“-3p”分別命名。如hsa-miR-21-5p和hsa-miR-21-3p，分別表明從hsa-mir-21前體的5’端臂和3’端臂加工而來的。

miRNA命名

1) miRNA成熟體命名規(guī)則(以動物miRNA為例：

    ①確定命名規(guī)則之前發(fā)現(xiàn)的miRNA，則保留原來名字，如hsa-let-7

    ②miRNA成熟體簡寫成miR，再根據(jù)其物種名稱，及被發(fā)現(xiàn)的先后順序加上阿拉伯?dāng)?shù)字，如hsa-miR-122

    ③高度同源的miRNA在數(shù)字后機上英文小寫字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等

    ④由不同染色體上的DNA序列轉(zhuǎn)錄加工而成的具有相同成熟體序列的miRNA，則在后面機上阿拉伯?dāng)?shù)字以示區(qū)分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2

    ⑤通常一個miRNA前體長度大約為70~80nt，很可能兩個臂分別產(chǎn)生miRNA：如果沒有明顯的表達(dá)差異，則以“-5p”和“-3p”分別命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分別表明從hsa-mir-26b前體的5’端臂和3’端臂加工而來的

2）miRNA編號

① miRNA前體

    發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)的miRNA前體轉(zhuǎn)錄本以“mir”命名，其編號以“MI”編號，如人的miRNA 122的前體ID為hsa-mir-122，Accession為MI0000442

② miRNA成熟體
    大約20～23nt的miRNA成熟體以“miR”命名，其編號以“MIMAT”編號，如人的miR-122有兩個成熟體，其中之一ID為hsa-miR-122-5p ，Accession為 MIMAT0000421;另一個為ID為hsa-miR-122-3p ，Accession為 MIMAT000 4590

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