QUAST有什么用

這篇文章給大家分享的是有關(guān)QUAST有什么用的內(nèi)容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。

對于不同kmer或者不同軟件的基因組組裝結(jié)果，我們通常會通過N50等指標(biāo)來進行評估。

對于一個組裝出來的序列，不論是contig還是scaffold, 首先將各個序列根據(jù)長度從大到小排序，然后從第一個序列開始，將長度進行累加，直到累加的長度超過了總長度的50%，此時，最后一個累加的contig的長度就是N50的長度。示意圖如下

上圖中N50的長度就是60，和N50的概念類似，還有N75, N90等說法，這些指標(biāo)可以統(tǒng)稱為Nx。Nx越大，說明組裝出來的片段長度越長一定程度上，證實了組裝結(jié)果越好。

除了Nx指標(biāo)外，還有Lx指標(biāo)，比如L50,指的是累加的contig的個數(shù)，示意圖如下

上圖中L50的值是3。在實際分析中，我們可以通過現(xiàn)有軟件來計算N50， L50等指標(biāo)，quast就是最常用的軟件之一。該軟件有在線服務(wù)，鏈接如下

http://quast.bioinf.spbau.ru/

只需要上傳fasta格式的contig或者scaffold序列，然后提交即可。在線服務(wù)雖然方便，但是也是有限制的，上傳的fasta文件大小不能夠超過100Mb，對于實際的基因組項目而言，當(dāng)是不能滿足要求。此時，可以下載軟件到本地服務(wù)器，然后運行。

安裝過程如下

wget https://sourceforge.net/projects/quast/files/quast-4.6.3.tar.gz
tar xzvf quast-4.6.3.tar.gz
cd quast-4.6.3/

quast基于python開發(fā)，以來matplotlib庫進行繪圖，保證python和matplotlib安裝好，然后直接下載源代碼，解壓縮就可以使用了。

用法如下

python quast.py -t 10 -o test1_out contigs.fasta

-t參數(shù)指定線程數(shù)，-o參數(shù)指定輸出結(jié)果的目錄。運行完成后，輸出目錄會生成如下文件

├── basic_stats
├── icarus.html
├── icarus_viewers
├── quast.log
├── report.html
├── report.tex
├── report.tsv
├── report.txt
├── transposed_report.tex
├── transposed_report.tsv
└── transposed_report.txt

直接看report.html文件就就可以了。

1. contig基本信息統(tǒng)計表

quast 會統(tǒng)計不同長度的contig的個數(shù)，以及N50,L50等指標(biāo)，示例結(jié)果如下

2. Nx 長度分布曲線

橫坐標(biāo)為Nx，縱坐標(biāo)為Nx的值，示意圖如下

3. contig長度累計曲線

橫坐標(biāo)為contig個數(shù)，縱坐標(biāo)為累加的長度，示意圖如下

4. GC含量分布圖

窗口的GC含量分布圖，quast將每個contig劃分為長度100bp的窗口，統(tǒng)計每個窗口的GC含量, 橫坐標(biāo)為GC含量，縱坐標(biāo)為窗口個數(shù), 示意圖如下

contig GC含量分布圖，對于每個contig,統(tǒng)計GC含量，橫坐標(biāo)為GC含量，縱坐標(biāo)為contig個數(shù)，示意圖如下

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