Hi-C數(shù)據(jù)可視化工具Genome Browser的實(shí)例分析

今天就跟大家聊聊有關(guān)Hi-C數(shù)據(jù)可視化工具Genome Browser的實(shí)例分析，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

對(duì)于chip_seq的數(shù)據(jù)，我們可以通過UCSC, igvtools等基因組瀏覽器來展示和查看相應(yīng)的數(shù)據(jù)，而對(duì)于三維基因組學(xué)的結(jié)果信息，這些二維基因組瀏覽器就不能夠有效的進(jìn)行展示了。隨著三維基因組學(xué)的發(fā)展，相關(guān)的可視化軟件也越來越多, 3D Genome Browser就是其中一個(gè)，是一個(gè)用于展示三維基因組學(xué)數(shù)據(jù)的在線網(wǎng)站，可以展示以下多種信息

1. Hi-C

2. ChIA-PET

3. Capture Hi-C

   
   

對(duì)于Hi-C數(shù)據(jù)，可以查看已發(fā)表的公共數(shù)據(jù)集的結(jié)果，也可以展示自己的數(shù)據(jù)分析結(jié)果，通過如下所示的步驟，選擇展示的數(shù)據(jù)和對(duì)應(yīng)的染色質(zhì)區(qū)域

結(jié)果示意如下

除了展示單一的Hi-C數(shù)據(jù)，還支持導(dǎo)入U(xiǎn)CSC或者Epigenome 基因組瀏覽器中的chip_seq, RNA_seq等二維結(jié)果。在下圖所示的紅框出輸入數(shù)據(jù)的URL鏈接

然后點(diǎn)擊update即可，支持同時(shí)展示多個(gè)二維數(shù)據(jù)集，結(jié)果示意如下

該網(wǎng)站也提供了Promoter Capture Hi-C數(shù)據(jù)的展示，但是只支持公共數(shù)據(jù)集，通過下圖所示的步驟選擇對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)集

展示結(jié)果示意如下

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)Hi-C數(shù)據(jù)可視化工具Genome Browser的實(shí)例分析有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。