高度定制的Hi-C數(shù)據(jù)可視化應(yīng)用HiGlass是怎樣的呢

高度定制的Hi-C數(shù)據(jù)可視化應(yīng)用HiGlass是怎樣的呢，很多新手對(duì)此不是很清楚，為了幫助大家解決這個(gè)難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。

HiGlass是一個(gè)hi-C數(shù)據(jù)可視化的web應(yīng)用，參考UCSC基因組瀏覽器和juicebox中數(shù)據(jù)的展示形式，運(yùn)用D3.js等流行的可視化框架對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行展示，基于web技術(shù)提升了用戶的交互體驗(yàn)，缺點(diǎn)就是需要搭建過程比較繁瑣。網(wǎng)址如下

http://higlass.io/about

和其他基因組瀏覽器類似，將每種需要展示的信息定義為tracks, 提供了一下不同的展現(xiàn)形式

下列網(wǎng)址是一個(gè)demo網(wǎng)站，展示了HiGlass的各種視圖

1. single  view

單個(gè)視圖窗口，用于展示單個(gè)hi-c圖譜，基本展現(xiàn)形式如下

用熱圖的形式展現(xiàn)hi-c圖譜，允許通過鼠標(biāo)進(jìn)行縮放，或者通過搜索框指定基因組區(qū)域。

2.  two linked views

相互關(guān)聯(lián)的兩個(gè)窗口，兩個(gè)窗口展示的基因組區(qū)域是同步的，可以方便的比較兩個(gè)Hi-C圖譜的異同，示意如下

3.  genome browser-like view

像基因組瀏覽器一樣展示數(shù)據(jù)，示意如下

當(dāng)然還有更多的展現(xiàn)形式，綜合運(yùn)用各種views, 可以靈活的進(jìn)行定制，創(chuàng)建出很多高大上的展現(xiàn)形式，下面網(wǎng)址是一些示例

通過編輯配置文件，可以對(duì)可視化的數(shù)據(jù)和形式進(jìn)行精細(xì)的調(diào)整，比如下圖中修改熱圖的配色等

HiGlass的使用門檻較高，但是其展示形式更加多樣，生成的效果圖也更加美觀，是一款hi-c數(shù)據(jù)可視化的利器。

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