如何使用WashU Epigenome Browser可視化hi-c數(shù)據(jù)

本篇內(nèi)容主要講解“如何使用WashU Epigenome Browser可視化hi-c數(shù)據(jù)”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“如何使用WashU Epigenome Browser可視化hi-c數(shù)據(jù)”吧!

Washu Epigenome Browser是一款基因組瀏覽器，相比UCSC等基因組瀏覽器，其不僅能夠展示RNA_seq, chip_seq等二維信息，還可以展示Hi-C等三維基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析結(jié)果，網(wǎng)址如下

http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/

該瀏覽器的功能特別強大，本文只是介紹下如何通過這個瀏覽器來展示Hi-C數(shù)據(jù)，步驟如下

1. 選擇參考物種和版本

內(nèi)置了人，小鼠，大鼠等常用物種，在展示信息之前，首先需要選擇對應(yīng)的參考物種和基因組版本，如下圖所示

2.  添加展示的信息

選擇好參考物種之后，下一步就是添加需要展示的信息，每個信息稱之為track。 通過導(dǎo)航欄的Tracks進行添加，既可以從公共數(shù)據(jù)庫選擇，也支持自己上傳數(shù)據(jù)。這里我們從ENCODE數(shù)據(jù)庫選擇數(shù)據(jù)進行展示，通過Public Data Hubs選擇公共數(shù)據(jù)集， 如下圖所示，點擊右邊的加號選擇感興趣的數(shù)據(jù)集

在下方提供了數(shù)據(jù)集的視圖，通過加號展開對應(yīng)的數(shù)據(jù)集，然后點擊右側(cè)的Assay區(qū)域可以進一步選擇數(shù)據(jù)集

這里我們選擇IM90細胞系相關(guān)數(shù)據(jù)，示意如下

可以多選，這里我選擇了hic和多種組蛋白修飾和CTCF的chip_seq以及RNA_seq的數(shù)據(jù)即興展示。

3.  調(diào)整顯示方式

默認(rèn)情況下track的順序是按照導(dǎo)入的依次順序進行排列，通過下圖紅色方框標(biāo)記的工具集可以調(diào)整tracks的排列順序

其次鼠標(biāo)右鍵點擊對應(yīng)的track, 可以對其顏色，y軸范圍等進行詳細調(diào)整，如下圖所示

簡單調(diào)整了每種track的顏色，效果圖如下所示

到此，相信大家對“如何使用WashU Epigenome Browser可視化hi-c數(shù)據(jù)”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進入相關(guān)頻道進行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！