Hi-C Data Browser瀏覽器的示例分析

小編給大家分享一下Hi-C Data Browser瀏覽器的示例分析，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技術(shù)研究了人淋巴母細胞的三維結(jié)構(gòu)，首次提出了A/B compartment的概念。

pubmed的鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2858594/

對于該文章中涉及到的hi-c數(shù)據(jù)，專門開發(fā)了一個網(wǎng)站用于檢索和查看，網(wǎng)址如下

http://hic.umassmed.edu/heatmap/heatmap.php

通過頂部下拉框，選擇不同的數(shù)據(jù)庫進行查看，示意如下

cell line用于選擇細胞系，提供了K562和GM06690兩種細胞系的數(shù)據(jù)，x-axis和y-axis用于選擇需要展示的染色體名稱，Resolution指定分辨率，Data Type指定數(shù)據(jù)類型，是歸一化之后的數(shù)據(jù)還是原始數(shù)據(jù)，或者是相關(guān)性的結(jié)果，Color Range指定顏色的映射范圍，選擇好數(shù)據(jù)之后，點擊View窗口可以查看某兩條染色體間的相互作用圖譜。

通過這個功能，可以方便的比較不同觀測值的hi-c圖譜情況，1號染色質(zhì)內(nèi)部的互作圖譜示意如下

通過鼠標(biāo)左鍵單擊，選中某個交互矩陣的單元格，在右側(cè)界面可以查看對應(yīng)的兩個bin之間的詳細信息，示意如下

也可以鼠標(biāo)左鍵拖出一個矩形區(qū)域，通過zoom放大后進行查看, 或者輸入基因組區(qū)域進行放大， 示意如下

放大之后的效果如下所示

對應(yīng)的交互矩陣可以通過Download按鈕進行下載，通過該網(wǎng)站，可以對文章中的hi-c數(shù)據(jù)進行詳細探究。

以上是“Hi-C Data Browser瀏覽器的示例分析”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道！