peak注釋的在線工具annoPeakR怎么理解

今天就跟大家聊聊有關(guān)peak注釋的在線工具annoPeakR怎么理解，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

annoPeakR是一個(gè)peak注釋工具，基于R語(yǔ)言中的shiny包開(kāi)發(fā)出的web應(yīng)用，

集成了人和小鼠多個(gè)版本的參考基因組信息，只需要上傳bed格式的peak文件就可以進(jìn)行分析了，支持一次上傳多個(gè)，示意如下

官網(wǎng)也提供了測(cè)試數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊Load sample Data可以看到。對(duì)于Peak文件而言只需要四列，分別代表染色體，起始，終止位置和peak的名稱，示意如下

對(duì)于每個(gè)peak文件，提供了以下兩種注釋信息

1. peak associated gene structures

peak關(guān)聯(lián)基因的分析是通過(guò)ChIPpeakAnno這個(gè)R包來(lái)實(shí)現(xiàn)，注釋結(jié)果提供了csv的格式供下載，內(nèi)容示意如下

不僅給出了對(duì)應(yīng)的基因注釋，還根據(jù)peak與基因的距離定義了downstream等類別，其中promoter和enhancer這兩種類別的距離可以自定義

對(duì)于不同類別peak的分布，還提供了柱狀圖，示意如下

2. peak to nearest peak distances

繪制peak與對(duì)應(yīng)基因距離的頻率分布曲線，示意如下

同時(shí)還可以多個(gè)peak進(jìn)行分析，包含以下兩種結(jié)果

1. overlapping peak identifications

peak區(qū)間的交集分析，提供了交集peak的數(shù)量統(tǒng)計(jì)，結(jié)果示意如下

2. overlapping peak-associated genes

peak關(guān)聯(lián)基因的venn分析以及功能富集分析，示意如下

在線工具操作簡(jiǎn)單，尤其對(duì)于不熟悉R語(yǔ)言的人而言。這個(gè)在線工具不僅提供了和CHIPpeakAnno相同的注釋結(jié)果，而且還有更多功能，是一個(gè)不錯(cuò)的選擇。

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)peak注釋的在線工具annoPeakR怎么理解有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。