circRNA_finder中如何識別環(huán)狀RNA

circRNA_finder中如何識別環(huán)狀RNA，相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。

1. STAR比對參考基因組

STAR是一款轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對軟件，其支持嵌合體的比對方式，也就是說支持一條reads的兩個部分比對到不同的基因組區(qū)域，而環(huán)狀RNA的junction reads就是符合這樣的要求，代碼如下

STAR \
--genomeDir hg19_star_db/ \
--readFilesCommand gunzip -c \
--readFilesIn R1.fastq.gz R2.fastq.gz \
--runThreadN 4 \
--chimSegmentMin 20 \
--chimScoreMin 1 \
--alignIntronMax 500000 \
--outFilterMismatchNmax 4 \
--alignTranscriptsPerReadNmax 100000 \
--twopassMode Basic \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--chimOutType SeparateSAMold \
--outFilterMultimapNmax 2 \
--outFileNamePrefix C1

雖然軟件提供了一個名為runStar.pl的腳本，但是由于STAR的版本問題，使用起來并不方便。該腳本本質(zhì)上是對STAR的封裝，直接用STAR就好了，參數(shù)設(shè)置可以參考腳本中的設(shè)置。

2.  運行circRNA_finder

第二步就是預(yù)測環(huán)狀RNA,代碼如下

perl \
postProcessStarAlignment.pl \
--starDir star_out_dir \
--minLen 100 
--outDir output_dir

運行完成之后，會三個文件,對應(yīng)的后綴如下所示

1. _filteredJunctions.bed

2. _s_filteredJunctions.bed

3. _s_filteredJunctions_fw.bed

第一個文件為所有環(huán)狀RNA的結(jié)果文件；第二個文件為剪切位點符合GT-AG剪切信號的環(huán)狀RNA；第三個文件和第二個文件的環(huán)狀RNA相同，只不過新增了環(huán)狀RNA連接點附近的線性RNA平均測序深度信息。通常情況下，我們選擇第二個文件的結(jié)果作為最終的環(huán)狀RNA預(yù)測結(jié)果，該文件內(nèi)容示意如下

看完上述內(nèi)容，你們掌握circRNA_finder中如何識別環(huán)狀RNA的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！