circPrimer中環(huán)狀RNA注釋和引物設(shè)計(jì)工具的示例分析

今天就跟大家聊聊有關(guān)circPrimer中環(huán)狀RNA注釋和引物設(shè)計(jì)工具，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

根據(jù)RNA_seq數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA的軟件很多，但是提供環(huán)狀RNA注釋的工具比較少。circPrimer是一款能夠進(jìn)行環(huán)狀RNA注釋的軟件, 輸入環(huán)狀RNA的基因組位置，可以確定其來(lái)源基因，提取基因組和轉(zhuǎn)錄本序列，并設(shè)計(jì)引物用于驗(yàn)證環(huán)狀RNA

該軟件提供了圖形界面，操作簡(jiǎn)便，經(jīng)典的應(yīng)用場(chǎng)景如下

1. 環(huán)狀RNA注釋

如下所示，輸入環(huán)狀RNA的基因組區(qū)域，點(diǎn)擊Annotate按鈕，可以查看環(huán)狀RNA的來(lái)源基因和序列構(gòu)成

選擇對(duì)應(yīng)的基因組版本，通過(guò)circRNA SEQ可以提取環(huán)狀RNA對(duì)應(yīng)的DNA/RNA序列。也支持輸入circBase中的環(huán)狀RNA ID或者來(lái)源基因gene symbol, 此時(shí)點(diǎn)擊circBase按鈕，會(huì)從該數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索，并在右側(cè)面板給出對(duì)應(yīng)的環(huán)狀RNA結(jié)果。

2. 環(huán)狀RNA可視化

鼠標(biāo)點(diǎn)擊檢索出的環(huán)狀RNA，可以看到如下所示的可視化結(jié)果

3. 設(shè)計(jì)PCR引物

得到RNA序列之后，勾選Divergent primer和check primer單選框，可以查看對(duì)應(yīng)的引物序列，結(jié)果如下所示

圖形界面的工具，操作更加簡(jiǎn)便，缺點(diǎn)就是只適用于human這個(gè)物種的環(huán)狀RNA注釋。

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)circPrimer中環(huán)狀RNA注釋和引物設(shè)計(jì)工具有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。