HLAforest中如何使用RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行HLA分型

這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)HLAforest中如何使用RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行HLA分型，文章內(nèi)容質(zhì)量較高，因此小編分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后對相關(guān)知識有一定的了解。

1. 修改config.sh

主要是修改HLAFOREST_HOME和NUM_THREADS這兩個選項，示例如下

#!/bin/bash
# User modifiable variables
HLAFOREST_HOME=/soft/hlaforest/
NUM_THREADS=10 # the number of threads bowtie should use

HLAFOREST_HOME指定軟件的安裝目錄，NUM_THREADS指定bowtie比對的線程數(shù)。

2. 修改 CallSimulation.sh

調(diào)整CONFIG_PATH的設(shè)置

CONFIG_PATH=/soft/hlaforest/scripts/config.sh

3. 修改 CallHaplotypesPE.sh

調(diào)整CONFIG_PATH的設(shè)置

CONFIG_PATH=/soft/hlaforest/scripts/config.sh

4. 添加PATH環(huán)境變量

在環(huán)境變量的配置文件中,將scripts目錄添加到PATH變量中，方便程序調(diào)用，寫法如下

export PATH=/soft/hlaforest/scripts:$PATH

上述參數(shù)都調(diào)整好之后，軟件就可以運行了。需要注意的是該軟件依賴bioperl和bowtie,由于我的系統(tǒng)是已經(jīng)裝過了的，所以這里沒給出這兩個軟件的安裝過程。

軟件自帶測試數(shù)據(jù)集，用法如下

CallHaplotypesPE.sh test2/ test2/gm12878_short_1.fastq test2/gm12878_short_2.fastq

只需要指定雙端測序的原始文件就可以了，默認(rèn)分型結(jié)果保存在haplotypes.txt中，該文件內(nèi)容示意如下

ROOT:A ROOT:A:11 ROOT:A:11:01 ROOT:A:11:01:04
ROOT:A ROOT:A:01 ROOT:A:01:01 ROOT:A:01:01:01 ROOT:A:01:01:01:01
ROOT:B ROOT:B:55 ROOT:B:55:01 ROOT:B:55:01:01
ROOT:B ROOT:B:08 ROOT:B:08:01 ROOT:B:08:01:01

關(guān)于HLAforest中如何使用RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行HLA分型就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。