如何理解對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析的工具GEO2R

如何理解對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析的工具GEO2R，很多新手對(duì)此不是很清楚，為了幫助大家解決這個(gè)難題，下面小編將為大家詳細(xì)講解，有這方面需求的人可以來(lái)學(xué)習(xí)下，希望你能有所收獲。

GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)是公開(kāi)的，很多的科研工作者會(huì)下載其中的數(shù)據(jù)自己去分析，其中差異表達(dá)分析是最常見(jiàn)的分析策略之一，為了方便大家更好的挖掘GEO中的數(shù)據(jù)，官網(wǎng)提供了一個(gè)工具GEO2R, 可以方便的進(jìn)行差異分析。

從名字也可以看出，該工具實(shí)現(xiàn)的功能就是將GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)導(dǎo)入到R語(yǔ)言中，然后進(jìn)行差異分析，本質(zhì)上是通過(guò)以下兩個(gè)bioconductor上的R包實(shí)現(xiàn)的

1. GEOquery

2. limma

   
   

GEOquery用于自動(dòng)下載GEO數(shù)據(jù)，并讀取到R環(huán)境中；limma是一個(gè)經(jīng)典的差異分析軟件，用于執(zhí)行差異分析。

一組樣本在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中用series表示，比如GSE25724, 包含了case和control兩組樣本，case組包含6個(gè)生物學(xué)重復(fù)，control組包含7個(gè)生物學(xué)重復(fù)，共13個(gè)樣本，鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25724

在網(wǎng)頁(yè)上可以看到GEO2R的按鈕，點(diǎn)擊這個(gè)按鈕就可以進(jìn)行分析了, 除了差異分析外，GEO2R還提供了一些簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)可視化功能。

1.  Value distribution

該選項(xiàng)用箱線圖展示所有樣本中表達(dá)量的分布，結(jié)果示意如下

2. Profile graph

該選項(xiàng)用于展示某個(gè)探針/基因在所有樣本中的分布，結(jié)果示意如下

點(diǎn)擊Sample values, 可以看到對(duì)應(yīng)的表達(dá)量值，示意如下

GEO2R進(jìn)行差異分析的步驟如下

1. 定義樣本分組

通過(guò)Define groups按鈕定義樣本分組，首先輸入一個(gè)group的名字，然后選擇對(duì)應(yīng)的樣本，示意如下

2. 參數(shù)調(diào)整

通過(guò)頁(yè)面下方的Options菜單，可以調(diào)整差異分析時(shí)的參數(shù)，示意如下

第一個(gè)參數(shù)用于選擇多重假設(shè)檢驗(yàn)的P值校正算法，第二個(gè)參數(shù)表示是否對(duì)原始的表達(dá)量進(jìn)行l(wèi)og轉(zhuǎn)換，第三個(gè)參數(shù)調(diào)整最終結(jié)果中展示的對(duì)應(yīng)的platfrom的注釋信息，是基于客戶提供的supplement  file中的信息, 還是使用soft文件中的信息。

3. 執(zhí)行

點(diǎn)擊如下所示的Top 250按鈕，執(zhí)行差異分析。

結(jié)果示意如下，在頁(yè)面上只顯示最顯著的250個(gè)差異基因

全部基因的結(jié)果可以通過(guò)Save all results導(dǎo)出，通過(guò)GEO2R, 可以在沒(méi)有任何編程基礎(chǔ)的情況下，順序的完成差異分析。

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