GEO數(shù)據(jù)庫架構(gòu)的原理是什么

這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會(huì)給大家?guī)碛嘘P(guān)GEO數(shù)據(jù)庫架構(gòu)的原理是什么，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

GEO是一個(gè)國際化的開源項(xiàng)目，允許研究者提交自己的數(shù)據(jù)到該數(shù)據(jù)庫，在世界范圍內(nèi)公開共享自己的數(shù)據(jù)，

該數(shù)據(jù)庫最開始主要用于分享芯片數(shù)據(jù)，后來隨著NGS技術(shù)的發(fā)展，也支持上傳高通量測(cè)序數(shù)據(jù)。

在該數(shù)據(jù)庫中，將所有相關(guān)信息分成以下幾類，示意如下

1. Platform

芯片平臺(tái)或者測(cè)序平臺(tái)，每個(gè)平臺(tái)有一個(gè)唯一的以GPL開頭的編號(hào)，高通量測(cè)序平臺(tái)，示意如下

由測(cè)序儀和物種的組合構(gòu)成了不同的platforn,芯片平臺(tái)示意如下

芯片平臺(tái)會(huì)給出探針相關(guān)信息，比如對(duì)應(yīng)的基因，探針序列等，示意如下

2. Sample

sample代表的是一個(gè)樣本的數(shù)據(jù)，可以是任意platform產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，有一個(gè)唯一的以GSM開頭的編號(hào)，對(duì)于芯片數(shù)據(jù)，會(huì)給出探針的表達(dá)量值，示意如下

對(duì)于高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，根據(jù)數(shù)據(jù)類型會(huì)給出不同種類的文件，如果原始的測(cè)序數(shù)據(jù)有上傳到SRA數(shù)據(jù)庫，也會(huì)給出對(duì)應(yīng)SRA編號(hào)，示意如下

3. Series

series代表屬于同一個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的一組樣本，通常情況下會(huì)給出該系列下所有樣本的附件文件的壓縮包，示意如下

以上這3種信息由數(shù)據(jù)的提交者提供，對(duì)于同一個(gè)series下的原始數(shù)據(jù)，GEO會(huì)對(duì)其進(jìn)行簡單的挖掘，比如基于表達(dá)量進(jìn)行聚類分析等，這些分析的結(jié)果對(duì)應(yīng)的類型為DataSet, 有一個(gè)唯一的以GDS開頭的編號(hào)，GDS2225示意如下

基于GSE3541的數(shù)據(jù)得到，該數(shù)據(jù)是一套大鼠的芯片數(shù)據(jù)，樣本分為case和control兩組，每組3重復(fù)，基于表達(dá)量的聚類結(jié)果示意如下

根據(jù)DataSet中提供的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，對(duì)于每個(gè)探針或者基因在所有樣本中表達(dá)量進(jìn)行探究，就得到了Profile數(shù)據(jù)，示意如下

數(shù)據(jù)共享使得基于公共數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)挖掘成為可能，也可以通過分析已有的同種類型數(shù)據(jù)來和自己的測(cè)序數(shù)據(jù)相互印證。

上述就是小編為大家分享的GEO數(shù)據(jù)庫架構(gòu)的原理是什么了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道。