融合基因數(shù)據(jù)庫(kù)有哪些

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1. TICdb

TICdb數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄了腫瘤相關(guān)的融合基因信息，網(wǎng)址如下

http://www.unav.es/genetica/TICdb/

該數(shù)據(jù)庫(kù)中的每個(gè)融合基因都是有文獻(xiàn)支持的，會(huì)給出對(duì)應(yīng)的pubmed編號(hào)。

2. TCGA  tumor fusion

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了很多腫瘤相關(guān)的測(cè)序數(shù)據(jù)和分析結(jié)果，通過(guò)PRADA這款軟件對(duì)TCGA中腫瘤的RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行分析, 過(guò)濾和整理，就得到了一個(gè)可行度較高的融合基因列表，網(wǎng)址如下

http://www.tumorfusions.org/

由于是利用腫瘤樣本進(jìn)行的分析，所以每個(gè)融合基因都提供了對(duì)應(yīng)的腫瘤信息。

3. COSMIC Fusion

在COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)中，提供了一個(gè)人工整理的，有文獻(xiàn)支持的融合基因列表，網(wǎng)址如下

https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion

對(duì)于每個(gè)融合基因，都會(huì)給出對(duì)應(yīng)的文獻(xiàn)和相關(guān)的組織類型，示意如下

4. ChimerDB

ChimerDB是一個(gè)綜合性的融合基因數(shù)據(jù)庫(kù)，即收錄了有文獻(xiàn)支持的融合基因，也包括了軟件預(yù)測(cè)的融合基因，網(wǎng)址如下

http://203.255.191.229:8080/chimerdbv31/mindex.cdb

該數(shù)據(jù)庫(kù)分成了3個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)，CHimerKB中包含的是來(lái)源于其他數(shù)據(jù)庫(kù)，有文獻(xiàn)證據(jù)支持的融合基因；ChimerPub是利用機(jī)器學(xué)習(xí)的算法從文章中檢索預(yù)測(cè)的融合基因;ChimerSeq是利用TCGA的RNA-seq數(shù)據(jù)，用軟件預(yù)測(cè)到的融合基因，示意如下

在現(xiàn)階段的研究中，融合基因通常是作為疾病的特異性標(biāo)記。該數(shù)據(jù)庫(kù)免費(fèi)下載，而且提供融合基因?qū)?yīng)的疾病信息的注釋。

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