轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)是什么

小編給大家分享一下轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)是什么，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！

對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子而言，我們最想知道的信息就是其對(duì)應(yīng)的靶基因。轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)非常的多，有些數(shù)據(jù)庫(kù)直接提供了靶基因的信息，比如TRANSFAC, 有些數(shù)據(jù)庫(kù)只提供了motif的信息，比如JASPAR, 我們只能通過(guò)軟件預(yù)測(cè)在基因的啟動(dòng)子序列上是否有對(duì)應(yīng)的motif, 從而識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子的靶基因。

TRANSFAC收費(fèi)，而JASPAR的靶基因預(yù)測(cè)又需要一定的生信技能，有沒(méi)有哪個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)既免費(fèi)，又直接提供了靶基因數(shù)據(jù)呢？

這種數(shù)據(jù)庫(kù)肯定是存在的，比如之前介紹過(guò)的TRRUST等數(shù)據(jù)庫(kù)，但是本文的主角是另外一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，Harmonizonme。

將各個(gè)Resource來(lái)源數(shù)據(jù)庫(kù)中的原始信息加以整理，得到更加直觀，方便使用的數(shù)據(jù)集Datasets，然后將所有的整理好的信息存儲(chǔ)在同一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中，就得到了Harmonizonme數(shù)據(jù)庫(kù)，網(wǎng)址如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/

目前該數(shù)據(jù)庫(kù)包含來(lái)自66個(gè)Resources數(shù)據(jù)庫(kù)，114個(gè)數(shù)據(jù)集datasets, 共有57620個(gè)基因，295496個(gè)屬性，71927784個(gè)相互作用關(guān)系。分類(lèi)情況如下

可以看到有非常多種類(lèi)型的信息，本文只介紹轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)集，在官網(wǎng)首頁(yè)，根據(jù)關(guān)鍵詞檢索相關(guān)的數(shù)據(jù)集，示意如下

最終可以檢索到以下6個(gè)轉(zhuǎn)錄因子靶基因數(shù)據(jù)集

以TRANSFAC Curated Transcription Factor Targets數(shù)據(jù)集為例，鏈接如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Curated+Transcription+Factor+Targets

該數(shù)據(jù)集是手工收集整理的轉(zhuǎn)錄因子靶基因數(shù)據(jù)集，示意如下

共包括201個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因信息，點(diǎn)擊每個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，可以看到相關(guān)的靶基因，示意如下

除了在線(xiàn)瀏覽特定轉(zhuǎn)錄因子的靶基因外，還可以方便的下載該數(shù)據(jù)集，點(diǎn)擊下圖中紅色方框標(biāo)識(shí)的文件進(jìn)行下載即可

該文件列數(shù)很多，前幾列示意如下

這里的id指的是基因?qū)?yīng)的Entrez Id, source值的是靶基因，`target值的是轉(zhuǎn)錄因子，通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)可以方便的得到轉(zhuǎn)錄因子和靶基因之間的調(diào)控關(guān)系。

看完了這篇文章，相信你對(duì)“轉(zhuǎn)錄因子的靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)是什么”有了一定的了解，如果想了解更多相關(guān)知識(shí)，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！