溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務(wù)條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
適用于基因組規(guī)模的多序列比對工具kalign是怎樣的，相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。
之前提到的clustalo, muscle, mafft 適用于幾千到幾萬條序列的多序列比對，在比較基因組學(xué)的分析中，需要對不同基因組的序列進(jìn)行多序列比對。對于基因組規(guī)模的多序列比對而言，之前的工具運行速度上就不夠理想了。
kalign 是一款針對大規(guī)模序列的多序列比對工具，無論是運行速度，還是比對的準(zhǔn)確度，都令人滿意。
在對應(yīng)的文獻(xiàn)中，利用測試數(shù)據(jù)集，評估了不同軟件的運行速度和多序列比對的準(zhǔn)確度，結(jié)果如下
從速度上看，Kalign遙遙領(lǐng)先，從準(zhǔn)確到上看，kalign和muscle, mafft 的準(zhǔn)確度非常接近。
kalign支持核酸和蛋白質(zhì)的多序列比對，軟件的安裝過程如下
wget http://msa.sbc.su.se/downloads/kalign/current.tar.gz tar xzvf current.tar.gz ./configure make
編譯好的可執(zhí)行文件的名字為kalign, 基本用法如下
kalign input.fa > out.fa
默認(rèn)輸出fasta格式的多序列比對結(jié)果，也支持clustalw, msf 等格式。
看完上述內(nèi)容，你們掌握適用于基因組規(guī)模的多序列比對工具kalign是怎樣的的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！
免責(zé)聲明：本站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以原創(chuàng)、轉(zhuǎn)載和分享為主，文章觀點不代表本網(wǎng)站立場，如果涉及侵權(quán)請聯(lián)系站長郵箱：is@yisu.com進(jìn)行舉報，并提供相關(guān)證據(jù)，一經(jīng)查實，將立刻刪除涉嫌侵權(quán)內(nèi)容。
億速云公眾號
手機(jī)網(wǎng)站二維碼
