怎么使用muscle進(jìn)行多序列比對(duì)

怎么使用muscle進(jìn)行多序列比對(duì)，針對(duì)這個(gè)問(wèn)題，這篇文章詳細(xì)介紹了相對(duì)應(yīng)的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個(gè)問(wèn)題的小伙伴找到更簡(jiǎn)單易行的方法。

muscle是最為廣泛使用的多序列比對(duì)工具之一，其速度和準(zhǔn)確度比clustal都要更加優(yōu)秀，在幾秒鐘的時(shí)間就可以完成上百條序列的比對(duì)，而且用法簡(jiǎn)單。

在下載頁(yè)面，提供了多個(gè)操作系統(tǒng)的可執(zhí)行文件。

linux下安裝的代碼如下

wget https://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
tar xzvf muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
mv muscle3.8.31_i86linux64 muscle
chmod +x muscle

由于解壓后的文件名很長(zhǎng)，這里對(duì)文件進(jìn)行了重命名，然后添加了可執(zhí)行權(quán)限。為了方便調(diào)用，可以將該文件添加到PATH環(huán)境變量中。muscle的基本用法如下

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa

輸入序列為FASTA格式，如果輸入序列中出現(xiàn)了gap, 會(huì)先去除這些gap, 然后在進(jìn)行多序列比對(duì)。默認(rèn)輸出的比對(duì)結(jié)果也為fasta格式，也支持phylip, msf, clustalw等其他格式。

除了多序列比對(duì)外，muscle還可以構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)，支持以下兩種建樹(shù)方式

1. NJ

2. UPGMA

   
   

NJ法構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)可信度更高，而UPGMA建樹(shù)的速度更快。基本用法如下

muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy -cluster neighborjoining

-cluster參數(shù)指定建樹(shù)的方法，默認(rèn)為upgma。輸出的tree文件格式為Newick格式。

muscle的默認(rèn)參數(shù)設(shè)置最大化的保證了比對(duì)的準(zhǔn)確度，對(duì)于大的序列，如果比對(duì)速度不是很理想時(shí)，可以適當(dāng)?shù)恼{(diào)整參數(shù)。

對(duì)于核酸和氨基酸序列，官方分別推薦了速度最快的參數(shù)設(shè)置。

核酸

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags

氨基酸

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 1 -diags -sv -distance1 kbit20_3

使用muscle時(shí)，其默認(rèn)參數(shù)設(shè)置就能夠滿足絕大部分的使用場(chǎng)景，只有對(duì)于較大的輸入序列，才需要調(diào)整參數(shù)。

EBI提供了muscle的在線服務(wù)，網(wǎng)址如下

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

用法和clustal的用法是類似的，這里就不贅述了。對(duì)于500條以下而且數(shù)據(jù)量小于1Mb的序列，可以直接使用該在線服務(wù)。

關(guān)于怎么使用muscle進(jìn)行多序列比對(duì)問(wèn)題的解答就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒(méi)有解開(kāi)，可以關(guān)注億速云行業(yè)資訊頻道了解更多相關(guān)知識(shí)。