如何使用mafft進(jìn)行多序列比對

這篇文章給大家介紹如何使用mafft進(jìn)行多序列比對，內(nèi)容非常詳細(xì)，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。

對于幾千條序列的多序列比對，無論是從準(zhǔn)確度還是運行速度上考慮，muscle通常都是最佳選擇。但是muscle 的內(nèi)存優(yōu)化做的并不好，如果所需內(nèi)存超出了機(jī)器內(nèi)存，此時可以考慮mafft 這個工具。

mafft 是一個跨平臺的工具，支持以下平臺

該軟件的基本用法如下

mafft  input > output

input為fasta格式的輸入序列文件，output為fasta格式的輸出結(jié)果文件。mafft 支持核酸和蛋白序列的多序列比對，內(nèi)置了多種序列比對算法， 可以分為以下3大類別

1. consistency based methods

2. iterative refinment methods

3. progressive methods

   
   

這三種類別的算法在準(zhǔn)確度和速度上各有優(yōu)勢，對于運行速度而言，3>2>1;對于準(zhǔn)確度而言，1>2>3。

1. consistency based methods

此類算法包含了L-INS-i, E-INS-i, G-INS-i 3種算法。
L-INS-i 用法如下

mafft --localpair --maxiterate 1000 input_file > output_file

E-INS-i 用法如下

mafft --genafpair --maxiterate 1000 input_file > output_file

G-INS-i 用法如下

mafft --globalpair --maxiterate 1000 input_file > output_file

2. iterative refinment methods

此類算法包含了FFT-NS-i, NW-NS-i 兩種算法。

FFT-NS-i 用法如下

mafft --maxiterate 1000 input_file > output_file

NW-NS-i 用法如下

mafft --maxiterate 1000 input_file > output_file

3. progressive methods

此類算法包含了FFT-NS-1, FFT-NS-2 2種算法。
FFT-NS-1 用法如下

mafft --retree 1 input_file > output_file

FFT-NS-2 用法如下

mafft --retree 2 input_file > output_file

如果在比對時，不知道如何選取合適的算法，可以使用以下設(shè)置

mafft --auto input > output

軟件會根據(jù)輸入序列的特征，自動選擇合適的算法。

EBI 也提供了mafft的在線服務(wù)。

關(guān)于如何使用mafft進(jìn)行多序列比對就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，可以學(xué)到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。