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本篇內(nèi)容介紹了“proovread怎么安裝和使用”的有關(guān)知識(shí)，在實(shí)際案例的操作過程中，不少人都會(huì)遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領(lǐng)大家學(xué)習(xí)一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細(xì)閱讀，能夠?qū)W有所成！
proovread 是在2014年發(fā)表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列糾錯(cuò)軟件，其基本的原理是利用高準(zhǔn)確度的二代短序列，不停的迭代比對(duì)，對(duì)pacbio的序列進(jìn)行糾正。
目前該軟件已經(jīng)在github 上公開,并不斷的更新。
1. 軟件的安裝
安裝方法比較簡單，按照官方的說明操作即可。
2. 使用方法
使用也非常的簡單，需要設(shè)置的輸入項(xiàng)比較少，大部分采用默認(rèn)配置即可。
proovread -t 8 -l isoseq_flnc.fasta -s WT.trim_read1.fastq -s WT.trim_read2.fastq -p out_prefix
參數(shù)說明：
-t : 設(shè)置線程數(shù)，該軟件非常消耗資源，要想加快速度，可以將線程數(shù)設(shè)置大一些
-l : 就是輸入pacbio 的序列
-s : 就是輸入二代測序的短序列， 如果有多個(gè)文件，可以多次輸入。
-p : 指定輸出文件夾的名稱
3. 輸出結(jié)果
| *.trimmed.f[aq] : | 去除低質(zhì)量，保留被矯正過的高質(zhì)量序列 |
| *.untrimmed.fq : | 包含沒有被矯正，低質(zhì)量的，沒有過濾的所有序列 |
“proovread怎么安裝和使用”的內(nèi)容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業(yè)相關(guān)的知識(shí)可以關(guān)注億速云網(wǎng)站，小編將為大家輸出更多高質(zhì)量的實(shí)用文章！
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