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這篇文章主要介紹如何使用fastp軟件對fastq文件進(jìn)行剪切,文中介紹的非常詳細(xì),具有一定的參考價(jià)值,感興趣的小伙伴們一定要看完!
使用fastp軟件對fastq文件進(jìn)行剪切
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件,可以對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。這里介紹如何對fastq文件進(jìn)行剪切。
其命令如下:
fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --trim_front1 15 --trim_front2 15 --correction --thread 8
參數(shù):
--in1 read1輸入文件
--out1 read1剪切后輸出文件
--in2 read2輸入文件
--out2 read2剪切后輸出文件
--trim_front1 對read1的頭部剪切
--trim_front2 對read2的頭部剪切
--trim_tail1 對read1的尾部剪切
--trim_tail2 對read2的尾部剪切
--thread 設(shè)置線程數(shù)
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