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這篇文章給大家分享的是有關定量蛋白質(zhì)組分析的R語言軟件包proteus怎么用的內(nèi)容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
定量蛋白質(zhì)組分析的R軟件包proteus
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)采用maxquant 進行鑒定和定量分析之后，還需要進行蛋白的差異表達分析。目前大部分的分析軟件都是在windows 上進行分析，不方便自動化。
為了方便進行自動化的分析，可以采用一個R包proteus來完成。該軟件包的下載地址：https://github.com/bartongroup/Proteus
1. 軟件包安裝
由于該軟件包的源代碼放在了github 上，所以需要采用devtools 進行安裝，安裝方式可以查看github 上的說明文檔，安裝代碼如下。
install.packages("devtools")
devtools::install_github("bartongroup/proteusLabelFree")
devtools::install_github("bartongroup/proteusTMT")
devtools::install_github("bartongroup/proteusSILAC")2. 支持的數(shù)據(jù)定量方法
目前該R包只支持3中類型的定量方法，分別是：Label Free, TMT和SILAC. 還不支持itraq 標記的定量。
3. 使用方法
使用方法，可以參考該軟件包的使用說明文檔。以查看TMT相關的分析文檔方式如下：
vignette("TMT", package="proteus")感謝各位的閱讀！關于“定量蛋白質(zhì)組分析的R語言軟件包proteus怎么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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